- 001 初始（上）
- 002 初始（下）
- 003 任務開始
- 004 列車裏的變故
- 005 任務進行時
- 006 生死之間（上）
- 007 生死之間（下）
- 008 逃出生天
- 009 到達主機房 上
- 010 到達主機房 下
- 011 改變的劇情 上
- 012 改變的劇情 下
- 013 兵分兩路
- 014 下水道驚魂
- 015 變異（上）
- 016 變異（下）
- 017 新生
- 018 終回列車
- 019 回歸
- 020 抉擇
- 021 強化（上）
- 022 強化（中）
- 023 強化（下）
- 024 訓練
- 025 回歸原點（上）
- 026 回歸原點（下）
- 第二卷 開始—再次進入
- 028 新人
- 029 沒有任務？
- 030 試驗
- 031 初見克羅斯
- 032 意外的戰鬥 上
- 033 意外的戰鬥 下
- 034 生死邊緣
- 035 任務開始
- 036 醫療室
- 037 石金？石晶！
- 038 支線任務（上）
- 039 支線任務（下）
- 040 擒賊先擒王
- 041 訓練
- 042 正中紅心
- 043 B計劃（上）
- 044 B計劃（下）
- 045 驚人變故
- 046 覺醒
- 047 逃生（上）
- 048 逃生（下）
- 49 活著比什麽都重要
- 050 新的認識(上）
- 051 新的認識（下）
- 052 突入
- 053 再見X先生們
- 054 回歸
- 056 強化
- 057 討論（上）
- 058 討論（下）
- 059 科技路線（上）
- 060 科技路線（下）
- 061 小女孩
- 62 黑客帝國準備開始
- 第三卷 開始——新人 上
- 063 新人（下）
- 064 準備好了嗎？
- 065 初會史密斯
- 066 會升級的敵人
- 067 守護天使（上）
- 068 守護天使（下）
- 069 需要時間
- 070 等待
- 071 這是我們的生活
- 072 救援墨菲斯
- 073 吸收
- 074 加強版特工
- 075 飛
- 076 新的能力
- 077 斷後
- 078 這是我的選擇
- 079 大膽的試驗
- 080 失去視覺
- 081 數據眼
- 082 自責
- 083 心魔（上）
- 084 心魔（下）
- 085 初見尼奧
- 086 有驚無險
- 087 核心中的電影
- 088 重新選擇的機會
- 089 壓力
- 090 選擇在你
- 091 花瓶
- 092 初見先知
- 093 真實的自我
- 094 修改
- 95 讓上天來保佑我們
- 096 準備戰鬥
- 097 任務分配
- 098 戰鬥開始
- 099 戰鬥進行時
- 100 沒有意外
- 101 一切都在計劃中
- 102 計劃繼續進行
- 103 公路逃生（上）
- 104 公路逃生（中）
- 105 公路逃生（下）
- 106 治療失敗
- 107 轉移目標（上）
- 108 轉移目標（下）
- 109 劣勢
- 110 逆轉
- 111 改變計劃
- 112 研究AT力場
- 113 出乎意料
- 114 終於回歸
- 115 回歸
- 116 勸解
- 117 任務討論
- 118 新的隊員
- 2012準備開始
- 第四卷 開始 主神語
- 121 特殊的新人
- 122 難以作出的選擇
- 123 信任與選擇
- 124 其他的輪回者
- 125 初次交鋒
- 126 暫時脫險
- 第一節休息
- 128 特殊視覺
- 129 混亂
- 130 長門有希
- 131 特殊的隊伍（上
- 132 特殊的隊伍 下
- 133 開始行動
- 134 阻攔
- 135 準備起飛
- 136 起飛
- 137 共享
- 138 不完美的成功
- 139 遇襲
- 140 反擊（上）
- 141 反擊（下）
- 142 風雲突變
- 143 淩風
- 144 有驚無險
- 145 不一樣的輪回者
- 146 終到方舟
- 147 回到方舟
- 148 審判者降臨
- 149 修複方舟
- 150 不違背自己的心
- 151 阻擋海嘯
- 152 初見審判者
- 153 楊林之死
- 154 峰回路轉
- 155 有價值的人
- 156 長門的去留
- 157 安全回歸
- 158 玉簡
- 159 如何麵對
- 160 強化武器
- 第五卷 回歸原來的世界
- 162 複仇
- 163 必須要做的事情
- 164 教室裏的衝突
- 165 尋人
- 166 去往目的地
- 167 進化試驗
- 168 會和
- 169集 會
- 170 複雜的關係
- 171 夢中的會議
- 172 逃離程序
- 173 回國
- 174 因與果
- 175 最後的準備
- 176 試驗開始
- 177 搜索幸存者
- 178 接觸幸存者
- 179 記憶修改之後
- 180 逃離學校
- 181 撤離點
- 182 隔離時間
- 183 變異喪屍的進攻
- 184 驚變
- 185 失守
- 186 最後的抵抗
- 187 救世主小隊確認
- 188 修改規則
- 189 危險來臨
- 190 走自己的路