南齊建國時間雖然很短，但讓它驕傲的是那個時代出了中國古代最偉大的科學家——祖衝之，僅僅這一個人，就足以讓這個朝代永遠留在人們的記憶中了。
祖衝之的祖父做過大匠卿，父親是一名散官，地位不是很高。祖衝之年輕的時候就喜歡讀書，人也很聰明，尤其精通數學知識。當時的皇帝劉駿聽說了他的名聲，把他安排在華林園工作，賜給他住宅、車馬和衣物，後來又把他調到南徐州擔任從事史，從此走上了仕途。祖衝之在官場上隻是一個平凡的官員，但在科學麵前，他有理由笑傲當時的任何一個人。
《隋書·律曆誌》中關於祖衝之圓周率的記載
劉宋時期使用的曆法是何承天製作的《元嘉曆》，已經比古代的11家曆法要準確精密了，可是祖衝之對它還是不滿意，於是開始自己編寫曆法。祖衝之經過長期的觀察測量計算，最後終於寫成了一部新曆法，叫作《大明曆》。這部曆法的精確程度達到了驚人的地步，它測定的一回歸年（兩年冬至之間的時間），跟現代科技測定的隻誤差了50秒。測定月亮公轉一周的天數，居然跟現代科技測定的數據相差不到1秒。
這部曆法雖然精妙準確，但是在祖衝之把它交給皇帝劉駿，皇帝下令群臣討論的時候，反對的人還是很多。戴法興就第一個跳出來反對，他擺出的理由是祖衝之擅自改變古代的曆法，是離經叛道，還說後人不應該改變古人製定的曆法。祖衝之用事實駁斥了戴法興的荒唐理由，劉駿找了些懂得曆法的人和祖衝之辯論。那些人對祖衝之提出了種種責難，但祖衝之用正確的數據將他們一個個都駁倒了。但即使如此，劉駿對頒布新曆法還是很猶豫，一直到他死，新曆法都沒有頒布。
劉駿死後，祖衝之被派到外麵擔任了婁縣令，後來又被調回了朝廷。當時繳獲了後秦姚興時期製作的一部指南車，但隻有外表，裏麵的機關都是空的，當這車走起來的時候，讓人坐在車裏麵掌握方向。所謂的指南完全是騙人的，完全想象不出姚興要這種沒用的東西做什麽用。蕭道成執政後，聽說祖衝之對機械方麵很有研究，下令讓祖衝之按照古代的方法重新製作一部真正的指南車出來。祖衝之改用銅來製造裏麵的機械，機巧多變，最後那車不管怎麽轉，始終都指向南方，這種技術是三國時期的著名機械專家馬鈞以後從來沒有過的。當時有一個北魏人索馭麟吹牛說自己也能造指南車，蕭道成讓祖衝之和他各造一輛，造好後在京城的樂遊苑比試，同時進行校對的試驗，結果索馭麟造出的指南車誤差非常大，蕭道成很生氣，下令把索馭麟造的車拆毀，當柴火燒掉了。竟陵王蕭子良喜歡古代的文物，祖衝之就自己製造了一件欹器送給了他，對他加以勸諷。欹器就是一種禮器，可以往裏麵裝水，如果裝滿了它就會傾倒過來，如果是空的它也放不正。隻有裝了一半水的時候它才能端正地放著。
後來齊武帝的太子看到祖衝之的曆法後，覺得那曆法確實精確，啟奏齊武帝請求施行，但太子不久病死了，這事情又被擱置了下來。直到祖衝之去世10年後，《大明曆》才得以施行。
祖衝之懂得音律，還是玩博塞（當時一種流行的遊戲）的高手，在當時無人能比。他認為諸葛亮能造出木牛流馬，不用風、水這樣的動力，而依靠體內的機關就能行走，也想造出類似的東西出來。後來他造出了千裏船，在長江的新亭段試驗過，一天能走100多裏，是當時最快的船。他還發明了用水力推動石磨舂米磨穀子的水碓磨，試驗的時候，齊武帝都親自跑去觀看。
祖衝之在數學上的造詣非常高，他曾經注解過中國古代的數學典籍《九章算術》，自己還編寫了一本數學著作《綴術》。他最傑出的貢獻是將圓周率推算到小數點後麵第7位，是世界上第一個把圓周率推算到小數點後麵第7位的科學家。西方的數學家直到1100多年後才在這方麵超過了他。
祖衝之的兒子和孫子都繼承了他的事業，對數學特別有研究，尤其是他兒子祖暅之，提出了一條原理，說同樣高的地方橫截麵積相等的兩個立體，它們的體積也必然相等（“冪勢既同，則積不容異”），祖暅之用這條原理計算出了球體的體積。很可惜的是，這條原理並沒有引起當時人們的重視，很快就失傳了。直到17世紀的時候才被意大利的數學家卡瓦列裏重新發現，所以西方把這條原理稱為“卡瓦列裏定理”，而中國一般把這條原理稱為“祖暅之原理”，而祖暅之在研究學問的時候是非常專心的，連天上打雷他都聽不到。有一次他走在路上，邊走邊思考問題，對麵走來個大官徐勉，祖暅根本沒有看到他，結果一頭撞到徐勉身上。這時候他還沒反應過來，直到徐勉招呼他，他才像剛睡醒一樣，趕緊施禮。徐勉也知道他這個人的特點，並沒有怪他。祖衝之的孫子祖皓也是個數學家，很可惜的是祖皓後來死於戰亂，這個科學家世家從此就斷絕了。