朱元璋是個難得的人才，他通過武力起家，自己也能征善戰，善於控製下屬。但他的長子朱標和他完全不同，是個心腸比較軟的人。朱標對儒學很感興趣，而朱元璋是靠武力奪得天下的，所以他擔心朱標日後控製不了那些開國功臣。為此，他做了兩手準備。
朱元璋為了教育朱標，派了很多功臣良將輔導教育他，還強調讓朱標學習軍事，想把他培養成為一個文武雙全，有勇有謀的人，日後成為一個合格的君主。但朱標天性仁慈，很難達到朱元璋的要求。
朱元璋見兒子不太適合成為自己這樣的人，以後可能控製不了功臣，於是就采取了另一種辦法。
那些跟朱元璋打天下的人都很有才幹，功勞也很大，朱元璋知道朱標不是他們的對手。雖然他們當中大多數人都沒有造反的意思，但朱元璋還是不太放心。朱元璋是白手起家的，為了保住自己的江山，朱元璋不得不拿功臣們開刀，為兒子清除障礙。
丞相胡惟庸心術不正，曾經想謀反，被朱元璋發現後將他殺掉了。胡惟庸在朝中勢力很大，很多大臣都和他有交情。朱元璋覺得這是個好機會，於是下令追查胡惟庸的餘黨。當時朱元璋手下有一個特務機構，叫作錦衣衛，專門負責監視大臣們的活動。錦衣衛隻聽從皇帝一個人的命令，別的部門無權幹涉，所以朱元璋才能夠了解大臣的一舉一動。這次追查胡惟庸的餘黨，錦衣衛也出了很大力，凡是和胡惟庸稍微有點關係的人都被編成名冊上報給朱元璋。最後總共查出了1.5萬多人，朱元璋一狠心，居然下令把這些人全部殺掉了。
欽錄 這本書記載了洪武十一年到洪武三十年（1378～1397年）明太祖朱元璋撰寫的敕諭。其中的《昭示奸黨錄》宣布胡惟庸犯有“竊持國柄，枉法誣賢，操不軌之心，肆奸欺之蔽，嘉言結於眾舌，朋比逞於群邪，蠹害政治，謀危社稷，私通日本、蒙古”等罪，株連三族。
朱元璋對自己的親戚們也不放心。朱亮祖是宗室，在統一天下的戰鬥中立過很多功勞，但他一直橫行霸道。在廣東當官的時候，經常接受當地土豪的賄賂，打擊報複為民做主的縣令道同。道同向朱元璋上奏，揭發朱亮祖的罪行。朱亮祖早就得到了消息，惡人先告狀，反過來控告道同目無法紀。朱元璋先接到朱亮祖的告狀信，下令把道同就地正法。等使者派出去後，他才收到道同的奏章，恍然大悟，馬上派人去赦免道同。結果晚了一步，道同在赦免書到來之前就被處死了。朱元璋非常生氣，把朱亮祖和他的兩個兒子抓了起來，活活鞭打至死。
胡惟庸案件過了幾年後，又有人告發前丞相李善長當年和胡惟庸來往密切。李善長足智多謀，是開國文臣中的第一功臣，還和朱元璋是兒女親家。當時他已經告老還鄉，在他臨走的時候，朱元璋賜給他鐵券，承諾他日後犯罪的話，可以免死。但這個時候朱元璋已經忘記了當年的承諾，一翻臉把李善長全家70多口人全部殺掉了。然後又追查餘黨，殺了1萬多人。
開國功臣徐達是朱元璋的童年夥伴，朱元璋的天下至少有一半都是他打下來的。但正因為他功勞大又很有才幹，朱元璋才對他很不放心。徐達也知道朱元璋的想法，所以在他麵前表現得非常謙虛謹慎，生怕觸犯朱元璋。朱元璋抓不到徐達的把柄，也不好隨便殺他。有一次徐達背上生了毒瘡，醫生告誡他不能吃鵝肉。朱元璋聽說徐達生病，假惺惺地派人前去探望，還送去了一個錦盒給徐達。徐達揭開蓋子一看，裏麵居然是一隻蒸鵝！徐達何等聰明，馬上就猜出了朱元璋的用意，流著眼淚把那隻鵝吃了。不久，徐達病發身亡。但他已經很幸運了，他的家人都沒有受到牽連，比李善長好多了。
另外被朱元璋殺害的功臣還有很多，例如和他結為兒女親家的傅友德被賜死，鄱陽湖大戰的功臣廖永忠也被賜死等，很少有功臣幸免。
幾年後，大將藍玉造反，朱元璋再次興起大獄，一口氣又除掉了1萬多人。經過這3次大獄後，明朝開國功臣幾乎一掃而光，朱家的江山算是鞏固下來了。但具有諷刺意義的是，朱元璋辛辛苦苦培養的朱標卻早死，真正造反的卻是朱元璋最信任的兒子燕王朱棣。