明神宗萬曆二十三年（1595年），顧憲成被革職，他回到家鄉無錫後，在東林書院講學。顧憲成名氣很大，來聽他講學的人非常多，他又喜歡議論朝政，抨擊一些當政的大臣。朝廷裏也有很多人支持他，但恨他的人卻說他們結黨營私，把支持顧憲成的人稱為“東林黨”。
東林黨人堅決反對宦官專權，和當時的齊、楚、浙三黨水火不容，相攻不已。
明光宗死後，他的妃子李選侍賴在乾清宮不走，東林黨領袖左光鬥上奏說：“乾清宮是天子才能住的地方，除非是皇後，別的妃子都不能長期居住，李選侍沒有資格住在乾清宮。”最後，左光鬥和楊漣聯合起來將李選侍趕出了乾清宮，維護了明熹宗的地位。至此，東林黨在黨爭中大獲全勝，掌握了朝政大權。
但明熹宗並不信任東林黨，他隻信任魏忠賢。齊、楚、浙三黨失勢後並不甘心，他們見魏忠賢勢力最大，就紛紛投靠他，結成了閹黨，在朝中為所欲為。
東林黨看不慣閹黨的胡作非為，紛紛上書彈劾。天啟四年（1624年），楊漣率先上書彈劾魏忠賢，一共列舉出他的24條大罪。魏忠賢聽說後怕得要死，跑到明熹宗麵前哭訴，糊塗的明熹宗當即火冒三丈，下旨斥責楊漣。
當時魏忠賢一手遮天，他出門的時候，排場和皇帝一模一樣。閹黨官員們拚命奉承他，稱他為“九千歲”，皇帝知道後也沒有說什麽。
不久，東林黨人魏大中、黃尊素等70多個官員冒死上書，接連彈劾魏忠賢，但上書如石沉大海，魏忠賢毫發無傷，楊漣和左光鬥反而被罷官。
魏忠賢決定反擊，他唆使黨羽寫了《東林點將錄》、《同誌錄》等誣陷東林黨人的書，製造輿論。第二年，魏忠賢幹脆興起大獄，將楊漣、左光鬥、袁化中、魏大中、周朝瑞、顧大章6人逮捕下獄，交給錦衣衛嚴刑拷打。逮捕左光鬥的時候，百姓們都圍在馬前啼哭，連前來抓他的人都感動得掉下了眼淚。
6人一開始不肯承認閹黨的誣陷，但不久又覺得如果被折磨死了的話，那就沒有機會再申冤了。他們天真地認為司法部門會秉公執法，所以就被迫做了假口供，以圖日後翻案。但魏忠賢早就料到這一招，他假傳聖旨，不把案子交給司法部門，而是讓東廠審訊，這個時候大家才後悔失算了。
依庸堂 “風聲雨聲讀書聲聲聲入耳，家事國事天下事事事關心”，反映了東林黨人憂國憂民的情懷。
很多正義之士紛紛捐款，湊了很多錢準備送給獄卒，以緩解他們的刑獄。但閹黨根本不給他們這個機會，就在湊錢的當天晚上，楊漣等人就被迫害致死。楊漣耳朵裏被釘上鐵釘，被沉重的麻袋活活壓死；左光鬥全身都被烙鐵燒得稀爛，臉上全是燙傷，左腿膝蓋以下的骨頭都露了出來，6人全部受盡酷刑慘死。
魏忠賢下令將東林黨人全部趕出朝廷，一年後，又大捕東林黨。在逮捕蘇州的周順昌時，蘇州市民紛紛上街請願，請求釋放周順昌。魏忠賢的走狗、南京巡撫毛一鷺的轎子被市民們攔住，士兵們急了，把鐐銬往地上一扔，吼道：“我們是東廠派來的，誰敢阻攔？”市民們大怒，罵道：“我們還以為是皇上派來的，原來是東廠的走狗！”大家一起向他們衝去，用石塊瓦片狠狠地向他們砸去，揪住他們痛打。毛一鷺見勢頭不對，早從轎子裏麵鑽了出來，躲在糞坑裏才逃過一劫。周順昌最後還是被抓走了，閹黨們追究起這件事，把當時領頭的5個人抓了起來，給他們定了死罪。那5個人麵無懼色，在刑場上還大罵魏忠賢，圍觀的群眾傷心地掉下了眼淚。
這一次大追捕捕殺了東林黨領袖高攀龍、周起元、周順昌、繆昌期、周宗建、黃尊素、李應升7人。人們把楊漣等6人稱為“前六君子”，把高攀龍等7人稱為“後七君子”。東林黨雖然被閹黨血腥鎮壓了，但閹黨並沒有猖狂多久，一年後，明思宗登基，將魏忠賢等人處死，為東林黨人平反。