在編寫體例方麵，原書采用以病分篇，每篇內容以條文形式列出。
對於疾病的分篇，有以數病合為一篇者，亦有一病獨立成篇者。其數病合為一篇者，大致有三種情況，主要以病機相同、證候近似或病位相近為依據，例如：痙、濕、暍(yè)三種疾病，都由外邪為患，在初起時多有惡寒發熱等表證，故合為一篇；消渴、小便不利、淋病，都與腎或**相關，病位相近，故合為一篇。二是將不便歸類的疾病合為一篇，如第十九篇《趺蹶手指臂腫轉筋陰狐疝蚘蟲病脈證治》篇。三是分科論病，如瘡、癰、腸癰、浸**病皆屬外科病證，故合為一篇。這種數病合篇的體例，有利於區別相關病證的異同之處，作出鑒別診斷，以及掌握各種疾病的辨證論治規律。原書一病成篇論述的疾病，如奔豚氣、痰飲病、水氣病、黃疸病等，除重點論述本病的證治外，尚涉及一些與本病有關的病證，故其論述範圍亦較廣泛。例如《水氣病脈證並治》篇，名“血分”者，尚涉及婦科病證。書中《五髒風寒積聚病脈證並治》篇集中而具體地論述五髒發病機理及證候、治法乃至方藥等，充分體現了原書以髒腑辨證為主的特色。
為了使學者係統掌握各篇所述疾病的證治規律，原書在條文的敘述上，常以問答的形式，論述疾病的脈因證治。其書寫方法較為靈活。有時開門見山，給疾病明確定義；有時“借賓定主”托出疾病特點；有時把性質相似的條文列在一起，以類比其異同；有時將性質不同的條文列在一起，以資對比說明；有時用許多條文解決一個問題；有時以一條原文說明許多問題。書中有或詳於此而略於彼者，須留意其前後呼應；有或詳於方而略於證者，示人當以藥測證；有或詳於證而未列方藥者，示人當據證以立方。特別是對人所易知的證候和治法，各篇每多從略；對人所容易忽略的證候和治法，則不厭其詳地加以分析、比較、鑒別、說明。