盡管考古學家們也在努力地進行發掘，但卻未必能發掘出已經沉降到地下的古代城邦遺址。古代城邦遺址通常會被新的建築物或是自然界中的沙石、各種殘骸堆積覆蓋。當然也有例外，比如阿茲特克人將神廟建在墨西哥城的一個湖**，由於地基的緣故，神廟最終沉入了地下。其實，現代建築如果建在那種地基上也會和古代的神廟一樣沉入地下。反觀瑪雅文明，建在堅硬的岩**的瑪雅古建築便能長久屹立。

位於伊拉克南部的烏爾遺址便是建在高出地平麵21米多、麵積數百公頃的大土墩上麵的。其他一些殘存的古文明遺址也是如此。後繼的文明在古代城邦的遺址上麵繼續建造房屋等建築，之後隨著城市被廢棄，各種建築也逐漸被風沙和動植物殘骸所掩埋。

形成中東古文明遺址的另一個原因是由於泥磚在建築中的大量使用。泥磚建造的房屋相當經久耐用，隻需偶爾進行少許維護工作並注意防止雨水衝蝕便可。但是一旦泥磚建築遭到廢棄，人們往往還會同時抽走其中寶貴的支撐木料，於是天長日久之後，泥磚房屋最終會化為黃土，堆積成恒久的土山，化作人們口中的曆史傳說。

也可能會有新的文明在古文明的城邦遺址上再度建立起來，於是幾個先後產生的文明遺址被相繼疊加起來，整個遺址群看上去像一塊巨大的千層糕一般。