從“刺宋案”發生，到武士英離奇死亡，前後共計一個月的時間。
在這一個月裏，一件凶手被緝、證據確鑿的並不複雜的刺殺案，卻越審越亂，始終沒有審出一個確切的結論。
雖然庭審沒有得出確切結論，但國民黨方麵卻抓住這段時間，通過真假難辨的輿論宣傳，將“刺宋案”的幕後主使指向袁世凱。
袁世凱的確有刺殺宋教仁的動機。
宋教仁組建國民黨，主張政黨內閣，矛頭直指袁世凱，袁世凱自然是知道的。第一次國會選舉結束後，選舉的結果是國民黨大獲全勝，這對袁世凱無疑是一個沉重的打擊，因為國民黨若以合法手段取得政權，將會極大地限製他的總統權力。為了收買宋教仁，袁世凱曾托人贈五十萬元給宋教仁，但宋教仁卻全數退回。收買不成，繼而采用極端的暗殺手段，將政壇勁敵除去，這在邏輯上是說得通的。
除了動機，袁世凱被懷疑為“刺宋案”的幕後主使，還有相關的實物證據。
應桂馨與洪述祖的往來電報從應桂馨的家裏被搜出，也在上海電報局找到了底稿。電報上的內容每一條都與刺殺宋教仁有關，而洪述祖則是內務部秘書，是國務總理趙秉鈞的人，也即是袁世凱的人。在應桂馨發給洪述祖的電報中，多處出現“乞轉呈”“望轉呈”等詞，顯然洪述祖不是此案的幕後主使，在他的背後還有人，而站在洪述祖背後的人，便是趙秉鈞和袁世凱。
既有動機又有證據，上海各界輿論，自然把矛頭直指袁世凱。
不過此案卻有諸多顯而易見的疑點。
譬如說，武士英刺殺宋教仁之後，為何不逃之夭夭，反而躲進應桂馨家裏？他為何不扔掉行刺用的六響手槍，反而一直留在身邊，甚至連剩餘的三顆子彈都沒有取出？應桂馨明知武士英是凶手，為何不將武士英送走，反而將武士英留在自己家裏？他與洪述祖的往來電報，是證明他乃幕後凶手的唯一證據，為何不直接銷毀，反而一直保留？舉報第一條線索的六野旅館的旅客，為何不向巡警總局或地方檢察廳舉報線索，反而直接向國民黨方麵舉報？他在舉報線索之後，為何不去領取各方懸賞的賞金，反而就此消失，沒了蹤影？
這些太過明顯的疑點，讓當時的輿論出現了另外一種截然相反的猜測，認為“刺宋案”的幕後主使絕非袁世凱。
應桂馨曾是陳其美的親信，跟隨陳其美多年，又替孫文做過事，換句話說，應桂馨長時間是革命黨的人，袁世凱如果要刺殺宋教仁，豈會把如此秘密而重要的事交給應桂馨來做，另尋更為值得信任的殺手豈不是更好？“刺宋案”是在陳其美嚴密控製下的上海地界內發生的，袁世凱如果要刺殺宋教仁，為什麽不等宋教仁去往北京的半路上下手？如果在去往北京的半路上動手，不僅更容易成功，而且得手之後，“刺宋案”的審理權因為案件發生地的緣故，便會落入北京政府的手中，而不是一直由國民黨方麵進行操控。
持這種觀點的輿論認為，“刺宋案”有可能是國民黨方麵故意設的局，以圖栽贓嫁禍給袁世凱，至於背後的主使人，便是上海的實際掌權人陳其美。
和袁世凱一樣，陳其美也有刺殺宋教仁的動機。
陳其美一直是孫文的左膀右臂，而孫文與宋教仁素有矛盾，尤其是國民黨成立之後，孫文在黨內的影響力大減，可以說宋教仁已經取孫文而代之，成為了黨內的實際領袖。在宋教仁為國民黨參加國會選舉而四處奔走時，孫文卻不聞不問，遠赴日本，足見他對宋教仁持何種態度。主動下手，替孫文除去政敵，陳其美擁有刺殺宋教仁的動機。
在暗殺方麵，陳其美是精於此道的高手，陶成章被刺就是先例。“刺宋案”的間接凶手應桂馨曾是陳其美的親信，陳其美對其有知遇之恩，應桂馨雖然表麵上投靠了北京政府，但他很可能暗中仍在替陳其美賣命。該案的直接凶手武士英，在預審的前一天暴斃於六十一團兵營裏，而六十一團處於陳其美的絕對控製之下，陳其美殺人滅口，以免武士英在地方檢察廳的預審上說出一些不該說的話，也是有可能的。
兩種猜測，各有各的道理。
但後來發生的事，似乎更傾向於後一種猜測。
宋教仁死後，孫文返回國內，成為了國民黨的實際領導人。國民黨方麵一直操控著“刺宋案”的審理，按理說此時領袖回國，有了主心骨，應該不顧一切地查清真相才對，可國民黨方麵卻偏偏有意遮掩，使得這件原本線索明確的刺殺案變得撲朔迷離。黃興主張通過法律途徑來解決“刺宋案”，孫文卻堅持訴諸武力，最終發動了二次革命，致使南北之間重新開戰。
在戰爭打響的同時，“刺宋案”的間接凶手應桂馨，卻趁著戰亂的機會，從六十一團兵營的監獄裏越獄了。