徐錫麟起義失敗被處死後，其胞弟徐偉怕牽連自己，主動向官府供認了紹興府大通學堂的事，同時供出了秋瑾、陶成章等光複會成員。兩江總督端方電令浙江巡撫張曾揚查抄大通學堂，捕殺秋瑾等人。張曾揚得到命令後，立刻通知紹興知府貴福執行。貴福身為滿人，素來痛恨革命黨，光複會就在眼皮子底下活動，他不僅沒有察覺，甚至還與徐錫麟等人有過來往，是以又驚又怒，急令山陰知縣李鍾嶽查抄大通學堂，捉拿秋瑾等人，並派出三百清兵前去協助。
當時紹興城內以府河為界，河西屬山陰縣管轄，河東屬會稽縣管轄，大通學堂位於城西北一帶，在山陰縣的管轄範圍內。
命令落到了山陰知縣李鍾嶽的頭上，但李鍾嶽卻和貴福不是一路人。
李鍾嶽是漢人，與大通學堂的人多有來往，知道這些人多是才學之士。在大通學堂的眾人之中，他尤其仰慕秋瑾的才華。他常拿秋瑾寫的“馳驅戎馬中原夢，破碎山河故國羞”等詩句來教育自己的兒子，帶著責備的口吻感歎：“以一女子而能詩，勝汝輩多矣！”所以當捉拿秋瑾的命令傳下來時，李鍾嶽的第一反應卻是維護秋瑾。他急忙趕到府衙麵見貴福，以該校並無越軌行動為由，希望能暗中調查清楚後，再定處置的辦法。
貴福頓時火冒三丈：“這是撫台大人的命令，你延不執行，是何居心？”
李鍾嶽原本還想求情，但貴福憤懣的態度，讓他不敢再多說一個字。
貴福決定親自出馬，由李鍾嶽陪同，親率三百清兵趕往大通學堂，準備捉拿秋瑾等人。
而這一切，身在大通學堂的秋瑾並不知道。
秋瑾原本和徐錫麟約定在漢曆的五月二十八日發動起義，她也將這個日期傳達給了浙江省內各路山堂會黨的首領。
但意想不到的是，嵊縣的烏帶黨首領裘文高卻擅自提前起義，與清軍交戰，後因孤立無援退至仙居；緊接著，武義縣的龍華會首領劉耀勳被部下出賣，起義事泄，劉耀勳被清兵捕殺。
嵊縣和武義縣相繼出事，浙江省風聲驟緊。
這兩個變故打亂了秋瑾原來的準備工作，不得不臨時決定浙江省的起義後推半個月。
豈料一浪未平，一波又起，徐錫麟突然提前兩日刺殺恩銘，安慶起義最終失敗，令秋瑾的起義計劃再次陷入了被動。
徐錫麟起義失敗被殺的消息傳出後，以光複軍分協領身份在浙東集結民團義勇的竺紹康和王金發，因擔心秋瑾還不知道這一消息，同時也為了找秋瑾商議對策，所以連夜帶了三十幾個人，快馬加鞭趕往紹興府。
竺紹康、王金發等人趕到時，已經是正午時分。然而大白天日頭高照，大通學堂卻大門緊鎖。
王金發上前重重地拍門。
門內有學生把守，透過門縫看清門外是誰，急忙打開大門放眾人進入，隨即又快速地將大門鎖好。
“秋督辦呢？”王金發問。
“在裏麵！”學生朝禮堂的方向一指。
竺紹康和王金發等人急忙趕到禮堂，見到了正在議事的秋瑾和眾師生。
原來天還沒亮時，就有其他會黨的成員快馬來報，秋瑾便獲知了徐錫麟出事的消息。變故已經發生，她急忙召集所有師生來到禮堂，先將這一沉痛消息告訴了所有師生，然後商討接下來的應對辦法。這一商討，就是數個時辰之久，一直從後半夜討論到了中午。
徐錫麟起義失敗被捕，當晚便被處死，這意味著大通學堂很可能已經暴露，所以絕大部分師生要求提前起義，攻打府衙，斬殺貴福，迅速占領紹興，再相機進取。從浙東趕回來的竺紹康和王金發等人也讚同這一提議。
但秋瑾卻不讚成。
起義計劃因故推後了半個月，此時各地的光複軍尚未集結，僅憑大通學堂的這點力量，想要起義成功難於登天。這一點，身為光複軍協領的秋瑾比誰都更清楚。所以她要求眾人掩藏槍彈，焚毀名冊，疏散學生，為革命的未來保留力量。
部分師生一心要為徐錫麟報仇，不肯就此放棄，竺紹康更是強烈堅持提前起義。眾人意見難以統一，禮堂內長時間吵鬧不休。秋瑾看得心急，卻又勸服不了眾人。
王金發原本讚成提前起義，但眼見眾人如一盤散沙般爭辯吵鬧，一股無名之火頓時上衝。他奔到角落裏，抱起一個圓口花瓶，“轟”的一聲砸碎在地上。
這一聲突如其來的巨響，驚得所有師生都安靜下來，紛紛轉頭，將目光投向王金發。
“現在已經什麽時候了，你們還在這裏吵個沒完沒了！”王金發麵色鐵青，聲如洪鍾，“眼下情勢緊急，全都給我閉上嘴，一切聽秋督辦的！”
王金發生得頭角崢嶸，是以綽號“金發龍頭”，原本麵相就凶惡，再加上這極具威勢的怒吼，那些原本義憤填膺的師生，皆被他震懾住了，不敢再發出半點聲音。
秋瑾趁勢招呼道：“時間緊迫，大家按我說的做，趕緊分頭行事！”
師生們稍微遲疑了一下，沒再提出異議，紛紛散了，迅速去藏匿槍彈，焚燒名冊。
在人群散開的同時，秋瑾叫住了王金發，讓王金發趕緊去西側的平屋。胡客和姻嬋住在那裏，秋瑾不忘通知兩人離開。
王金發飛步趕到西側的平屋，然而屋門大敞，屋內卻空無一人。
王金發找遍屋內屋外，沒有找到胡客和姻嬋，隻好回去向秋瑾稟明情況。
胡客和姻嬋雖說不是革命黨人，但陶成章、徐錫麟、龔寶銓等光複會的重要成員，一直對胡客和姻嬋禮待有加，秋瑾自然不希望兩人出事，於是準備和王金發一起去西側找找。
兩人剛剛走出禮堂，把門的學生忽然飛奔而來，望見秋瑾和王金發，隔了老遠就大喊道：“來了，來了！”
秋瑾心頭一顫，問道：“來了多少人？”
把門的學生上氣不接下氣地回答：“街那頭黑壓壓的，全都是官兵！”
秋瑾顧不上胡客和姻嬋了，急忙命令所有師生從後門撤離。
王金發和竺紹康趕緊組織眾師生走後門撤出大通學堂，忙活了一陣，才發現秋瑾站在禮堂外，似乎沒有要離開的意思。
秋瑾一動不動地站在那裏，微微仰起了臉，凝望著懸掛在柱子上的對聯。
這是徐錫麟常凝望出神的那一副對聯，原本懸掛在禮堂背後的抱廈裏。秋瑾籌備起義，是以命學生將這副對聯從抱廈裏取出，懸掛在禮堂前的柱子上，讓所有進出的師生都能看見，以表明革命的心誌。
“秋督辦！”王金發叫喊了一聲。
見秋瑾無動於衷，王金發衝上前去要拉她走，卻被秋瑾一把推開。
“革命是要流血的！”秋瑾後退了一步，盯住王金發道，“如果滿奴將我綁赴斷頭台，一刀將我殺了，天下人便可認清滿奴本性，革命至少可以提早五年成功！”
此時的秋瑾，已經抱定了必死的信念。
其實在昨晚聽聞徐錫麟被殺的消息時，她就暗自打定了主意，不再活著離開大通學堂。
她已決心赴死，並用自己的鮮血，來喚醒更多的國人。
竺紹康和一些還沒走的師生，都停下了腳步，震撼且驚詫地望著秋瑾。
“你們都不必勸我，我今日決意一死，死且不悔！”秋瑾的語氣無比堅定，沒有絲毫回旋的餘地。
王金發還要再勸，卻被秋瑾厲聲斥退。
“學堂的所有師生都交給了你，你還不走，是想害死大家嗎？”秋瑾杏眼圓睜，衝王金發怒吼道。
一旁的竺紹康知道形勢緊迫，已容不得半刻耽擱，急忙衝上前來拉王金發走。
劈裏啪啦的腳步聲越來越清晰，三百清兵已經一路小跑接近學堂大門。王金發望了一眼大門，又望了一眼秋瑾，最後猛一跺腳，和其他師生一起，朝後門撤離。
望著眾人離去的背影，秋瑾慘然一笑，閉上了雙眼。
等她再睜開眼時，眸子裏已是一片清澄。
她走回平日辦公的屋子，整衣梳發，端坐於桌前。有成片的槍聲傳來，秋瑾的臉色卻越發堅毅。她伸出手，拿起了桌上的筆……
大通學堂的師生前腳剛走，三百清兵後腳便團團包圍了學堂。因不清楚學堂內的情況，眾清兵不敢貿然衝入。
貴福下令鳴槍示威，成片的槍聲頓時響起。
但大通學堂內始終沒有任何動靜。
貴福命令清兵撞破大門，強行衝入學堂。
李鍾嶽擔心清兵開槍傷人，是以命令眾清兵不許胡亂開槍，並且親自帶隊衝在最前麵，以免有不聽話的清兵違令開槍。
一進入學堂，才發現四下裏空空****，安靜得出奇，別說人了，連鬼影子都看不見一個。
李鍾嶽鬆了口氣，他以為大通學堂的人都已經逃走了。
他知道秋瑾辦公的地方，所以一個人直奔東側的平屋。他擔心大通學堂的人走得匆忙，萬一有落下的資料，他好趕在貴福進來之前將其銷毀。
李鍾嶽滿以為學堂內的所有人都已撤走，哪知推開平屋的門卻看見了秋瑾，這令他大吃一驚。
秋瑾端坐於桌前，桌上鋪有紙張，紙上墨痕逶迤，另有一柄短劍和一把手槍放在一旁。
“你怎麽沒有走？”李鍾嶽訝然問道。
秋瑾沒有回答，隻是斜了李鍾嶽一眼。
這時，一小隊清兵為了保護李鍾嶽的安危，緊跟著趕來東側，衝入平屋，看到了秋瑾。這些清兵立刻繳了短劍和手槍，將秋瑾雙臂反擰，抓了起來。
秋瑾沒有抵抗。
清兵抓了秋瑾，押到貴福的麵前。
貴福冷冷一笑，命令將秋瑾押往縣衙。
秋瑾被帶走後，李鍾嶽拿起了桌上的紙，那上麵是秋瑾寫下的絕命詞：
痛同胞之醉夢猶昏，悲祖國之陸沉誰挽。日暮窮途，徒下新亭之淚；殘山剩水，誰招誌士之魂？不需三尺孤墳，中國已無幹淨土；好持一杯魯酒，他年共唱拜侖歌。雖死猶生，犧牲盡我責任；即此永別，風潮取彼頭顱。壯誌猶虛，雄心未渝，中原回首腸堪斷！
這首絕命詞可謂字字誅心，李鍾嶽每讀一字，心就疼痛一下，好似有一把刀橫在了心上，正隨著詞句一刀一刀慢慢地切割……
抓捕了革命黨的重要人物，實乃大功一件，若能從秋瑾的嘴裏挖出更多的信息，那功勞就更大了，日後升官發財，自然不在話下。打著這樣的算盤，貴福在秋瑾被捕的當晚，便親自到縣衙大牢裏審訊秋瑾。
貴福一口氣問了不少問題，但秋瑾始終一言不發。等到貴福問累了，靠著椅背喘氣時，秋瑾才終於開了口。
“我認得你，”秋瑾斜視著貴福，語氣森然，“你來過學堂，還送過一副對聯。”
這句話猶如平地驚雷，驚得貴福後背一寒。
貴福的思維猛然間轉過彎來。秋瑾接辦大通學堂後，曾邀請他參加學堂的開學典禮，他不僅去了，還送了一副親筆書寫的對聯以示道賀。既然秋瑾還記得他，那當日典禮上的其他革命黨人，多半也還記得他。這一點，讓貴福不免心驚膽寒。這些年革命黨人製造了不少轟動全國的刺殺案件，遠的不說，就說幾天前，安徽巡撫恩銘剛剛在巡警學堂被徐錫麟刺殺身亡。這些活生生的例子就擺在眼前，如何不讓貴福擔心？
順著這個念頭繼續往下想，如果秋瑾由他審結定罪，最後殺秋瑾的就是他貴福，將來革命黨人要報仇，自然一個個都會衝著他而來。
這樣的想法一冒出來，貴福便不敢再審下去了。
原本立功心切的他，竟然如逃跑一般急匆匆地離開了縣衙大牢，轉而命令李鍾嶽來審訊秋瑾。
翌日，天陰雨濕，淒風動幕。
山陰縣衙的花廳裏，公堂已經設好，李鍾嶽將在此審理秋瑾。
秋瑾被帶上堂來，李鍾嶽破例設座，讓秋瑾坐於椅上。
李鍾嶽看著秋瑾，沉默了好一陣，才問道：“你是革命黨人？”
秋瑾朗聲回答道：“是。”
李鍾嶽又問：“為什麽要鬧革命？”
秋瑾沒有回答，反而盯著李鍾嶽，問道：“我所主張，是為男女革命，並未觸犯法網，你為何逮捕我？”
昨天第一個衝進秋瑾辦公處的人，正是李鍾嶽，聽到秋瑾這樣質問，李鍾嶽不禁長歎了一聲。
李鍾嶽一直仰慕秋瑾的才情，此時卻官犯有別，要在公堂之上審訊秋瑾，這令他的情緒十分低落。兩句話問完，他就不知道該問什麽了，索性將記錄供詞的紙張筆墨交給了秋瑾，道：“聽說你文理尚優，那就隨便寫點東西吧。”
秋瑾也不推遲，提筆落墨，先寫下了一個大大的“秋”字。微作停頓後，她一揮而就，又寫下六個字，隨即擲筆於地。
李鍾嶽取過紙來，隻見七個剛勁逸麗的墨字落在紙上：“秋風秋雨愁煞人”。七字連而成詩，與堂外風雨映襯，令李鍾嶽心中更加悲愴。
李鍾嶽再歎一聲。他仍不知道該問什麽，默然了片刻，誇讚秋瑾的書法寫得好。
片刻間的接觸，秋瑾已經感覺到，眼前這個老人雖也是滿清的官員，卻和貴福等人全然不同。
秋瑾的語氣溫和了許多，說道：“沒見過帖，字實不能寫，文章倒是能作幾篇。”
於是李鍾嶽便讓秋瑾作文。
秋瑾道：“素不工書，不慣用毛筆，還請賜鋼筆一用。”
李鍾嶽命人取來鋼筆墨水，交予秋瑾。
秋瑾提筆疾書，寫下千餘言詞，陳述她生平經曆。
整個“審訊”過程持續了一個時辰之久，花廳內寂靜異常，形同會客，哪裏有半分審訊犯人的樣子。
秋瑾寫完後，將供詞交給李鍾嶽。
李鍾嶽閱完供詞，下令將秋瑾還押，然後拿著供詞去見貴福。
一進入府衙，李鍾嶽還沒開口，貴福便氣勢洶洶地責問道：“為什麽不用刑訊，反而待秋犯如上賓？”縣衙裏早就有人將審訊的過程悄悄報告給了貴福。
李鍾嶽回答道：“秋瑾是女子，又是讀書人，現在沒有確鑿的證據，怎能用大刑逼供？”
貴福知道李鍾嶽是在故意袒護秋瑾，再這樣審下去，肯定審不出什麽結果。但貴福害怕革命黨人報複，又不敢親自審訊，左思右想之後，他命下人備馬，然後親自趕赴杭州府，麵見浙江巡撫張曾揚。
貴福向張曾揚稟報了審訊的情況，謊稱秋瑾已經承認密謀革命。張曾揚急於完成端方交代的任務，不加複查，立即擬寫了“就地正法”的手諭。
貴福連夜趕回紹興府，召見李鍾嶽，向其出示了巡撫手諭，命其立即處死秋瑾。
李鍾嶽大驚失色，憤然質問：“供證兩無，焉能殺人？”
貴福冷哼一聲，說道：“這可是撫台大人的命令，你敢抗命不遵？”
李鍾嶽辯道：“案情尚未弄清就處死刑，人心必然不服，還望大人三思！”
貴福訓斥道：“你還反了不成？！”又怒目瞪住李鍾嶽，厲聲說道：“今日之事，殺，在你，不殺，也在你，總之與我無關。該怎麽辦，是你的事，你好自為之！”將巡撫手諭扔給李鍾嶽，丟下這句話，貴福拂袖而去。
李鍾嶽怏怏返回縣衙，思索良久，始終想不出兩全的法子。
漸漸子夜已過，到了醜寅之交，執刑任務已不容再緩。
李鍾嶽沒有搭救的辦法，隻能命人將秋瑾帶到公堂上，向秋瑾出示了巡撫手諭，說道：“我本想救你一命，但上峰必欲殺你，我隻恨位卑言輕，無力挽回。殺你實非我本意，還請你原諒……”李鍾嶽越說越悲，不禁淚隨聲墮。
秋瑾知道了自己的結局，也知道李鍾嶽一直試圖保護自己，說道：“李公盛情，秋瑾深為感戴，今生已矣，願圖報於來世。”
說完這話，秋瑾微微一笑。
這一笑之間，已是看淡生死，已是無悔無怨。
貴福派親兵前來催刑，李鍾嶽被迫押秋瑾來到了軒亭口。
行刑之前，李鍾嶽問秋瑾還有什麽要求。
秋瑾提出不要梟首、刑後勿剝衣服等要求。
李鍾嶽一一答應，再問秋瑾有沒有遺言。
秋瑾搖了搖頭，不再說話。
光緒三十三年六月六日寅時，鑒湖女俠秋瑾在紹興鬧市軒亭口赴刑。
秋瑾死後，李鍾嶽命人購買棺材盛殮，後來秋瑾的友人徐自華和吳芝瑛聞訊尋來，李鍾嶽悄悄將棺材轉交，由徐吳二人將秋瑾移葬於杭州西湖西泠橋畔。
李鍾嶽在審訊過程中想方設法袒護秋瑾，觸怒了貴福，被貴福告到了張曾揚處。秋瑾死後不到三天，李鍾嶽即因“庇護女犯”的罪名被朝廷革職。
被革職後，李鍾嶽離開了紹興府，來到了杭州府。
在杭州府的寓所裏，李鍾嶽終日悶悶不樂，常在家人麵前念叨“我雖不殺伯仁，伯仁由我而死”這兩句話，也常獨自一人將密藏的秋瑾遺墨取出，對著“秋雨秋風愁煞人”七個字注視默誦，甚至為此泣下。
在痛苦和內疚的輪番折磨中，李鍾嶽漸漸產生了以身殉道的念頭，最終在寓所裏懸梁自縊。李鍾嶽自縊時，距秋瑾被害尚不足百日。
秋瑾遇難，李鍾嶽自盡，社會各界頓時一片嘩然。
處死革命黨人雖然有過先例，但秋瑾身為女子，還從來沒有過女子因革命而被處死的事發生，何況此案證據不足案情未清便對秋瑾秘密處以極刑，因此各方輿論一時聳動，所有的責難都對準了紹興知府貴福和浙江巡撫張曾揚。
貴福自知民怨太大，不敢繼續留在紹興府，遂請調浙江海運京局總辦，嗣改任安徽寧國府知府，後以漕運勞保道員在任。張曾揚同樣不堪輿論譴責，調任江蘇巡撫，但仍為民情所不容，又改調山西巡撫，最後在社會各界的聲討中憂鬱成疾，不得不托病辭官回籍。