蕭摩訶是典型的少年得誌。當年侯景之亂的時候，他隻有13歲，被姑父蔡路養收養，蔡路養起兵阻擋陳霸先，少年蕭摩訶單槍匹馬殺入陳霸先的陣地中，竟然沒有人能阻擋住他。後來蔡路養失敗，蕭摩訶投靠了侯安都，侯安都早就聽說了他的勇名，對他非常優待。北齊軍隊前來騷擾，侯安都對蕭摩訶說：“你是出了名的勇悍，但百聞不如一見啊。”蕭摩訶回答道：“今天就可以讓您見到了！”戰鬥剛開始不久，侯安都就從馬上掉下來被敵人包圍了，蕭摩訶大喝一聲，獨自殺入敵陣把敵人殺得四散而逃，這才救了侯安都一命。
陳朝北伐的時候，蕭摩訶跟隨都督吳明徹向秦郡發起進攻。北齊派遣大將尉破胡率領10萬大軍前來抵擋，北齊軍前隊有以“蒼頭”、“犀角”、“大力”等稱號組成的精銳部隊。另外還有西域來的胡人，箭無虛發，讓陳軍非常恐懼。作戰的時候，吳明徹對蕭摩訶說：“如果能殺死那批胡人的話，敵人就會喪失士氣。你一向有關羽、張飛的名聲，現在可以斬顏良了啊。”蕭摩訶說：“請先讓我看看那些胡人的樣子，然後就可以殺他們了。”吳明徹叫來從北齊那邊投降過來的人，他們說胡人穿著大紅色的衣服，用白樺皮包裹弓，弓兩端用骨頭裝飾著。吳明徹派人偷偷觀察，見到胡人在敵陣中，他親自倒酒給蕭摩訶喝，蕭摩訶喝完後騎上馬，向敵軍衝去，胡人站在陣前約十幾步的地方，還來不及把弓拉開，蕭摩訶就把小鑿扔過去，正好打中胡人的額頭，胡人應聲而倒。北齊軍隊中的“大力”衝出來十多人，被蕭摩訶一一斬殺，北齊軍大懼，隻好撤走了。
北周滅掉了北齊，派大將宇文忻率軍伐陳。當時宇文忻有精銳騎兵幾千人，蕭摩訶自己隻帶了12個騎兵衝進敵陣廝殺，殺了不少敵人。北周派王軌前來增援，在呂梁南方布置包圍圈，切斷了陳軍的退路。蕭摩訶建議吳明徹主動進攻，吳明徹很不高興，說：“衝鋒陷陣是你的事，運籌帷幄是我的事！”意思就是讓蕭摩訶不要多嘴。蕭摩訶很生氣，就退了出去。後來北周兵越來越多，沒有辦法，他們隻好撤退。蕭摩訶率領80名騎兵在前麵開路，衝破北周軍所有封鎖線，大軍才得以突圍。
陳叔寶即位時，發生了陳叔陵行刺之事，陳叔陵乘亂向東府城逃去。陳叔寶召來蕭摩訶，讓他去征討。蕭摩訶帶領幾百個人到東府城西門駐紮下來。陳叔陵很害怕，想從南門逃跑，被蕭摩訶追住，將其斬首。蕭摩訶立了大功，陳叔寶將陳叔陵多年積攢的財寶全部賞賜給了他，還聘他的女兒為太子妃。
隋朝建立後，派賀若弼鎮守廣陵，陳叔寶任命蕭摩訶前去防備。隋軍南下攻陳，蕭摩訶卻被召回朝廷，賀若弼得以乘虛渡江襲擊京口，蕭摩訶請求出戰，但陳叔寶不許。後來賀若弼打到了鍾山，蕭摩訶又請求說：“賀若弼孤軍深入，他的援兵還很遠，而且他的防守還沒鞏固下來，軍心也不穩，這個時候對他們發動突然襲擊，一定能打敗他們。”但陳叔寶又一次否定了他的正確意見。最後等到隋軍集結完畢發動大規模進攻的時候，陳叔寶才要蕭摩訶出戰，蕭摩訶說：“從古至今，打仗都是為了國家和自己，今天出戰，也要顧及妻子兒女了。”陳叔寶拿出很多金銀綢緞賞賜給將士們，陳軍聲勢浩大，陣勢長達20裏。賀若弼以為還沒開始交戰，帶了幾個人上山觀察地形，結果見到陳軍已經出動，趕緊跑回去準備迎敵。魯廣達首先率軍攻打，賀若弼抵擋不住，連連後退。不久隋軍重新振作起來，分兵攻擊陳軍各部。孔範貪生怕死，一交戰就逃跑，別人見了也紛紛逃散，蕭摩訶再勇敢也無能為力，被隋軍俘虜。
建康陷落後，賀若弼把陳叔寶安置在德教殿，命令士兵看守。蕭摩訶請求說：“我現在身為囚犯，早晚要死，我的願望就是再見一次皇上，然後死也不會遺憾了。”賀若弼很同情他，就準許了。蕭摩訶見到陳叔寶後，跪在地上號啕大哭，並拿出食物進獻給陳叔寶，然後和他訣別。守衛的士兵都不忍心看到這個場麵。
陳朝滅亡後，蕭摩訶成為隋朝的臣子，後來跟從漢王楊諒謀反被殺，享年73歲。