儒學發展到宋代，出現了理學這種體係，理學家們認為倫理綱常是人的先天之性，而喜怒哀樂是後天的情欲，情欲是阻礙倫理綱常的東西，所以要提倡“存天理，滅人欲”，提倡忠孝仁義。南宋的朱熹就是宋代理學集大成者。
朱熹小時候很聰明，剛會說話的時候，父親指著天告訴他：“這是天。”朱熹問道：“那天上邊是什麽呢？”他父親很驚訝兒子的問題。上學後，老師給他一本《孝經》，他讀了後在上麵題字道：“不這樣做，就不能稱其為人。”（“不若是，非人也”。）18歲的時候成為貢生，不久中了進士，擔任泉州同安縣主簿。他在任的時候挑選了很多優秀人才到學校裏學習，天天和他們一起討論修身養性之道。不久他被朝廷征召，但以有病為借口推辭掉了。
皇帝想獎勵和任用廉潔有才之人，有人推薦了朱熹，朝廷想任用他為秘書郎，他極力推辭。3年後，朱熹被任命為南康軍知軍，他再次推辭，但沒有得到允許，隻好去上任。當時南康正逢旱災，朱熹在當地實行抗災救民的政策，老百姓才沒有餓死。朱熹在當地考察了白鹿洞書院的遺址，後上奏請求恢複原來的樣子，重新恢複了白鹿洞書院，由此白鹿洞書院成為中國四大書院之一。
朱熹深受二程學說的影響，很多人就借攻擊二程來打擊朱熹。陳賈對皇帝說，近來士大夫中有標榜所謂“道學”的，多數都是欺世盜名之徒，指的就是朱熹。朱熹一生廉潔，窮得經常問人借錢，但不符合道義的錢財一文不取。朱熹治學的方法是窮究事物之理來推廣知識，然後又用在自己身上來檢驗實際內容。他常說聖賢的理論都分散在古代的典籍之中，而那些書裏麵的義理又不明白，所以聖人之道才沒有人了解。他用一生的精力來研究經典，對經典進行注釋，他寫了很多注釋經典和闡述自己學術思想的書，後來的幾個朝代把他為《大學》、《論語》、《孟子》、《中庸》所做的注解作為學校裏的必修課程。
王淮罷相後，朱熹被召入朝奏事，有個朋友告訴他說他提倡的東西是皇帝不愛聽的，讓他不要在皇帝麵前說這種話。朱熹說：“我平生所學就是‘正心誠意’四個字，怎麽能欺騙君主呢？”見到皇帝後，皇帝說：“好長時間沒有看到你了，現在我想請你擔任清要的職務，不再用州縣的小事來麻煩你了。”第二天就任命朱熹為兵部郎官。兵部侍郎林栗和朱熹討論學術問題發生了分歧，他就彈劾朱熹說：“朱熹本來沒有什麽學問，隻是剽竊張載和二程的學說，稱為‘道學’。他還經常帶著一批學生到處走動，模仿孔子和孟子，不肯擔任官職，明顯是和朝廷作對！”皇帝說：“林栗的話好像過頭了。”太常博士葉適彈劾林栗，說他說的話沒有一句是對的。侍禦史胡晉臣也說他無事生非，把學者說成是朋黨，林栗因此被貶為泉州知州。
《監本四書》書影 朱熹為四書所作之注是封建社會對四書經義最權威的解釋，科舉考試都以朱熹的《四書集注》為準。
寧宗即位後，韓侂胄仗著自己擁立有功，很驕傲。朱熹擔心他危害社稷，多次和皇上談到這個問題，因此被免官，趕出了朝廷。趙汝愚執政後，朱熹寫信提醒他要多多注意韓侂胄，但趙汝愚認為韓侂胄容易對付，沒有把朱熹的話放在心上，最後事實證明朱熹當年說的話是對的。
朱熹離開朝廷後，韓侂胄唆使黨羽彈劾門戶之學，請求辨別他們的真偽。劉德秀在長沙做官的時候不被理學家張栻的弟子所看重，後來他做了諫官，就攻擊理學為“偽學”。太常少卿胡紘說：“近年偽學猖獗，圖謀不軌，希望朝廷能夠給予限製。”還有人攻擊趙汝愚等人是“偽黨”，後來發展到幹脆說他們是“逆黨”。更有甚者說道學和權臣結為死黨，企圖謀朝篡位，導致攻擊“偽學”的行動一天緊過一天，甚至還有人上書要求殺了朱熹。當時那些跟隨朱熹的學子都沒了容身之地，不願意同流合汙的人紛紛隱居山林，也有一些儒學中的敗類為了個人前途而改換門庭，拜他人為師，和朱熹劃清了界限。雖然朱熹的學說遭到朝廷內外的反對甚至迫害，但他仍然每天平靜地和學生們討論學術。有人勸他把學生們都解散，省得給人以口實，他笑笑卻沒有說話。朱熹死的時候，諫官上奏說全國各地的“偽黨”約定朱熹下葬那天聚會，為他送葬，希望能加以管束，朝廷采納了這個意見。
朱熹71歲那年去世，他死後不久，朝廷對“偽學”的態度也慢慢有了轉變。韓侂胄死後，朝廷為朱熹恢複了名譽。