朱元璋認為兒子是最忠誠最可靠的人，所以把兒子們分封到全國各地為王，有的王還有自己的軍隊。朱元璋的如意算盤是如果朝廷裏發生什麽事的話，那些諸侯王就可以興兵討伐，反正怎麽著都是朱家的天下，再說太子是大哥，弟弟們也不會反對他的。
但太子朱標居然死在了朱元璋的前麵，這下皇位繼承人的位置就空了出來，選誰當太子讓朱元璋傷透了腦筋。他最喜歡四兒子燕王朱棣，但如果立他為太子的話，老二老三肯定不服。最後他幹脆立朱標的兒子朱允炆為皇太孫，認為這樣就名正言順了。朱允炆年少好學，性情寬厚。一天，朱元璋和朱允炆聊天，問他：“邊境上的事我都交給你叔叔們管了。”沒想到朱允炆卻說：“那如果叔叔們有異心怎麽辦呢？”朱元璋頓時語塞，他從來沒想到過自己兒子會造反。沉默了好大一會兒，他才問道：“依你說該怎麽辦呢？”朱允炆回答道：“用德行來爭取他們的心，用禮儀來約束他們的行為。如果不起作用的話，就削減他們的封地，再不行的話就興兵討伐。”朱元璋覺得沒有別的辦法了，勉強點了點頭。
那些諸侯王平時對朱允炆也不太好，經常以長輩的身份教訓他。朱允炆開始考慮日後的問題了，他問侍讀黃子澄：“叔叔們都手握重兵，我該怎麽對付他們呢？”黃子澄用當年漢景帝平定七國之亂的典故來安慰朱允炆，朱允炆才放下心來。
朱元璋去世後，朱允炆登基為帝，年號“建文”，史稱建文帝。按照朱元璋的遺詔，他禁止叔叔們進京奔喪，當時朱棣已經從燕京趕到了淮安，也被迫返回。這件事引起了諸侯王的極大不滿，都說朝廷中有人挑撥諸侯王和皇帝之間的關係。朱允炆知道後非常不安，他和兵部尚書齊泰還有黃子澄一起商議對策，決定削弱諸侯王的實力，以保證朝廷的優勢。他們認為燕王朱棣實力最強，人也最有能力，應該先除掉他。但黃子澄不同意，他認為朱棣早有準備，不容易除掉，他建議先從別的王爺那裏下手，剪除掉燕王的手足，等燕王勢單力孤的時候再集中力量對付他，黃子澄的意見得到了大家的讚同。
建文帝認為朱棣的親弟弟周王的封地在開封，和朱棣靠得很近，很有可能幫助燕王造反，就找了個罪名把他廢掉，貶為庶民，打發到雲南去了。接著又廢掉了代王、岷王、湘王和齊王。朱棣害怕極了，他知道自己的實力還不足以和朝廷對抗，生怕下一個被廢掉的人就是他。他韜光養晦，暗中招兵買馬，操練軍隊，準備反戈一擊。他在王府下麵造了個地下室，專門鑄造兵器，為了掩蓋敲打的聲音，還養了很多雞鴨，讓它們叫個不停。
朱棣經過精心準備後，認為時機已經成熟，但他還不敢馬上行動。因為他的3個兒子還在京城裏麵，如果造反的話，3個兒子的命就沒了。他寫信給建文帝，說自己生病，請求把兒子們接回去。黃子澄認為，如果把他的兒子送回去，可以起到麻痹朱棣的作用，然後再發動突然襲擊，一定能消滅他。建文帝就把那3個堂弟送了回去。
建文帝還派了幾個大臣跑到燕王的屬地去負責當地的軍政事務，實際上是讓他們監視朱棣。朱棣為了爭取時間，幹脆裝瘋，他一會兒跑到街上大喊大叫，一會兒又搶人東西吃。當時正是六月，天熱得跟下火一樣，但他卻裹著被子坐在火爐前烤火，還一個勁地叫冷。那些大臣並沒有受他的蒙騙，很快就調查出了內幕，馬上派人告訴了建文帝。
建文帝決定對朱棣下手，正當他調兵遣將的時候，有人向朱棣告了密。朱棣馬上宣布自己病愈，請官員們來吃飯，在宴席中殺掉了建文帝派去的大臣。隨後，他打著“靖難”的旗號正式造反。他造反的理由是消滅朝中奸臣齊泰、黃子澄等人，所以才自稱“靖難”。朱棣長期在北方和蒙古人作戰，又經過精心準備，軍隊戰鬥力很強。
這場戰爭持續了4年，雙方你爭我奪，互有攻守。朱棣最終打敗了朝廷的主力部隊，攻到了南京城下。幾天後，守城大將李景隆開城投降，朱棣殺進京城。皇宮上麵燃起了熊熊大火，朱棣趕緊派人前去救火，同時命人把守住宮門，不讓一個人跑出來。等火勢熄滅後，朱棣迫不及待地命人尋找建文帝的屍體，但沒有一具屍體像是建文帝的。民間都傳說建文帝從地洞裏逃走了，後來朱棣宣布找到的屍體其實是皇後的。不過真相到底是怎麽回事，沒有人能說清楚，這也成了一個千古之謎。