朱子真正是受了孔子的“蘇格拉底傳統”的影響，所以立下了一套關於研究探索的精神、方法、步驟的原則。他說：“大抵義理須是且虛心隨他本文正意看”，“隻虛此心，將古人語言放前麵，看他意思倒殺向何處去”。怎樣才是虛心呢？他又說：“須是退步看。”“愈向前愈看得不分曉，不若退步卻看得審。大概病在執著，不肯放下。正如聽訟，心先有主張乙底的意思，便隻甲的不是，先有主張甲的意思，便隻見乙的不是。不若姑置甲乙之說，徐徐觀之，方能辨其曲直。橫渠（張載，1020-1077）雲，‘濯去舊見，以來新意。’此說甚當。若不濯去舊見，何處得新意來？”
十一世紀的新儒家常說到懷疑在思想上的重要。張橫渠說“在可疑而不疑者，不曾學。學則須疑”。朱子有校勘、訓詁工作的豐富經驗，所以能從“疑”的觀念推演出一種更實用更有建設性的方法論。
他懂得懷疑是不會自己生出來的，是要有了一種困惑疑難的情境才會發生的。他說：“某向時與朋友說讀書，也教他去思索，求所疑，近方見得隻是且恁地虛心，就上麵熟讀，久之自有所得亦自有疑處。蓋熟讀後，自有窒礙不通處，是自然有疑，方好較量。”“讀書無疑者須教有疑，有疑者卻要無疑，到這裏方是長進。”
到了一種情境，有幾個發生互相衝突的說法同時要人相信，要人接受，也會發生疑惑。朱子說他讀《論語》曾遇到“一樣事被諸先生說成數樣”，他所以“便著疑”。怎樣解決疑惑呢？他說：“隻有虛心。”“看得一件是，未可便以為是，且頓放一所，又窮他語，相次看得，多相比並，自然透得。”陸象山（1139-1193）是朱子的朋友，也是他的哲學上的對手。朱子在給象山的一封信裏又用法官審案的例說：“（如）治獄者當公其心……不可先以己意之向背為主，然後可以審聽兩造之辭，旁求參伍之驗，而終得其曲直之當耳。”
朱子所說的話歸結起來是這樣一套解決懷疑的方法：第一步是提出一個假設的解決方法，然後尋求更多的實例或證據來作比較，來檢驗這個假設，——這原是一個“未可便以為是”的假設，朱子有時叫做“權立疑義”。總而言之，懷疑和解除懷疑的方法隻是假設和求證。
朱子對他的弟子們說：“諸公所以讀書無長進，緣不會疑。某雖看至沒緊要的事物，亦須致疑。才疑，便須理會得徹頭。”
正因為內心有解決疑惑的要求，所以朱子常說到他自己從少年時代起一向喜歡做依靠證據的研究工作（考證）。他是人類史上一個有第一等聰明的人，然而他還是從不放下勤苦的工作和耐心的研究。
他的大成就有兩個方麵：第一，他常常對人講論懷疑在思想和研究上的重要，一這懷疑隻是“權立疑義”，不是一個目的，而是一個要克服的疑難境地，一個要解決的惱人問題，一個要好好對付的挑戰。第二，他有勇氣把這個懷疑和解除懷疑的方法應用到儒家的重要經典上，因此開了一個經學的新時代，這個新經學要到他死後幾百年才達到極盛的地步。
（《中國哲學裏的科學精神與方法》）