原書論述診治雜病，以整體觀念為指導思想，以髒腑經絡學說為基本論點，認為疾病證候的產生，都是整體功能失調，髒腑經絡病理變化的反映。從這一基本論點出發，提出了根據髒腑經絡病機和四診、八綱進行病與證相結合的辨證方法。這一主要精神充分地體現在《髒腑經絡先後病脈證》篇。例如，在病因、發病和病機傳變方麵，以髒腑經絡分內外，提出了“千般疚(chèn)難，不越三條”的病因分類；從整體觀念出發，根據正氣與邪氣、人體內部各髒腑間的相互關係，提出了“若五髒元真通暢，人即安和”，以及“見肝之病，知肝傳脾”等有關發病和病機傳變的理論。在診斷方麵，通過四診舉例，結合八綱，把疾病的各種臨床表現具體地落實到髒腑經絡的病變上，示範性地運用了病與證相結合的辨證方法。這一主要精神貫穿於全書各篇，在具體病證上也得到體現。例如《中風曆節病脈證並治》篇，以在絡、在經、入腑、入髒對中風病進行辨證；《水氣病脈證並治》篇，根據水氣病形成的內髒根源及其證候，分為心水、肝水、脾水、肺水和腎水。張仲景所創髒腑經絡辨證方法，特別強調憑主症辨證論治，抓住主要矛盾和矛盾主要方麵。
在原書中，仲景始終抓住“必伏其所主，而先其所因”，意即分析疾病時應抓住主症，以推求其根本原因。如“胃反嘔吐者，大半夏湯主之”和“食已即吐，大黃甘草湯主之”。可見主症不同，治法迥異。大半夏湯證以“胃反”之朝食暮吐、暮食朝吐為主症，其病機為胃虛脾傷，不能磨穀，食物留在胃的時間較長，故治當益氣補虛、降逆潤腸。而大黃甘草湯主症為“食已即吐”，病機為實熱積於胃腸，腑氣不通，治當攻下泄熱。原書的具體辨證論治有以下幾個特點。
(1)辨主症時，當對其病位、病機具體分析。如《嘔吐噦下利病脈證治》篇中有三個方劑均由薑、夏組成，均用於寒飲犯胃，但主症卻有別。在寒飲嘔逆的共性之下包含有各個性，有藥物劑量之異。小半夏湯和生薑半夏湯用生薑以散寒，“走而不守”，以治飲盛抑陽的嘔吐。而半夏幹薑散選幹薑溫陽“守而不走”，以治中陽不足的寒飲嘔逆。生薑半夏湯重用生薑汁以散結通氣，治中陽閉鬱，不得伸發，氣之出入升降受阻，似嘔不嘔，似喘不喘，似噦(yuě)不噦，徹心中憒憒然無奈者；而小半夏湯則重用半夏以降逆化飲，主治諸嘔吐，穀不得下。
(2)不論病程之久暫，凡有是證，則用是方。如《婦人產後病脈證治》篇曰：“產後風續之數十日不解，頭微痛，惡寒，時時有熱，心下悶，幹嘔，汗出，雖久，陽旦證續在耳，可與陽旦湯。”此即不以病之長短，隻以臨床症狀辨證，抓住主證治之，但見有其證，即可用其方。
(3)主證不變，主方及治則不變；兼證已變，則“隨證治之”。如治療胸痹病，但見胸痛，便用瓜蔞薤白白酒湯；如因水飲上逆而症見不得臥者，則加半夏以降水飲，成為瓜蔞薤白半夏湯；如再見“胸滿，脅下逆搶心”，則加枳實、厚樸、桂枝，以降胸中脅下之氣，成為枳實薤白桂枝湯。通陽宣痹的總治則則一。
原書涉及五髒辨證的內容有200多處，六腑辨證的內容有150餘處，在以髒腑經絡辨證為核心的同時，《傷寒論》的六經辨證，後世概括的八綱辨證，病因辨證(六**、七情、內生之邪等)，溫病學中的三焦辨證、衛氣營血辨證等諸多辨證方法在書中均有所體現，可謂集多種辨證方法之大成，為後世各辨證方法的發展奠定了良好基礎。