8月18日，孫中山眼見支持他的人員越來越多，於是自信心爆棚，更在黃埔公園大肆宴請國會議員，商討召開國會問題。但是這個時候有一個尷尬的問題就是大部分國會議員還是站在段祺瑞那邊的，所以來到福建的議員不足法定人數，不過沒關係，反正都是他們說了算，當時決定模仿法國大革命前夕第三等級代表舉行國民議會的先例，召開“國會非常會議”（俗稱“非常國會”），這個理由倒是冠冕堂皇。

25日非常國會開幕，由於大家都急著奪回屬於自己的利益，所以31日就立馬通過《中華民國軍政府組織大綱》13條，規定中華民國為戡定叛亂、恢複《臨時約法》，並且組織中華民國軍政府。軍政府設大元帥一人，元帥三人，由國會非常會議分別選舉出來。《臨時約法》的效力完全恢複以前，中華民國之行政權由大元帥行使，大元帥對外代表中華民國，元帥協助大元帥籌商政務。軍政府設外交、內務、財政、陸軍、海軍、交通六部。可笑這個坐立在兩廣的中華民國軍政府就這樣在開始之前劃分好了權力。

並且堂而皇之的說為了適應護法戡亂的戰爭需要，軍政府沒有采納《臨臨時約法》規定的內閣製，而采取中華革命黨《革命方略》中提出的黨、政、軍權合一的大元帥製方案，實行軍事、內政、外**一的元首製，更大所謂的進步報紙紛紛為他們造勢，鼓吹以孫中山為首的中華革命黨人希望通過護法運動建立本黨單獨執政的資產階級革命政權，為中華人民爭取更美好的明天。

這般作法著實令馮庸反感，雖然北洋政府專製不假，但是段祺瑞等人能做實事呀！至少在他們手上，有力量維護統治區百姓的和平生活，並且北洋政府也是無時無刻不在為國家的強大絞盡腦汁，就比如這次對德宣戰，本意很好，看準時機，準備奪回我國權益，可是以孫中山為首的人呢？是看不懂還是不願懂，什麽中華誌士，為了爭權奪利，百般阻擋對德宣戰，生怕民國得到英美支持之後會強大起來對他們的日本主子產生威脅？

或者說是怕北洋政府徹底清除他們在民國的一席之地，口口聲聲為了民主、為了共和，可是歐美諸國的共和無一不是建立在國民利益之上，他們的共和為了什麽，為了代表中國那頂部最有錢的那些人——大資產階級還有那些野心家，為了用國家機器獲得更多利益，嗬嗬！真正的資產階級是那些在全國各地興辦企業的那些人，那群把振興民族企業放在第一位的人，真正的共和的前提是讓百姓吃飽飯，過上好生活。本來人家還能吃口飯，雖然日子艱難了一些，但也是一家人平安，可是他們這群所謂的革命鬥士一來，如同一根巨大的攪屎棍，把他們那種平頭小民的生活打破了就算了，他們的民軍比起北洋軍閥還厲害，搶光、殺光、奸光！都趕得上二戰的日本人了，果然是一個主子教出來的。

9月1日非常國會選舉孫中山為海陸軍大元帥，陸榮廷和唐繼堯為元帥。10日，孫中山宣誓就職。同日，非常國會通過了軍政府各部總長名單，外交：伍廷芳，財政:唐紹儀，陸軍：張開儒，海軍：程璧光，內政：孫洪伊，交通：胡漢民，軍政府參謀總長：李烈鈞，大元帥府秘書長：章太炎。這種人事安排或許體現了中華革命黨人主動與西南實力派以及國民黨穩健派合組護法軍政府的願望。

或許他們中間有一些是真正的仁人誌士，但是他們萬萬沒想到自己等人隻不過是配襯，主角是誰呢？是孫中山，一個隻會叫喊著“上呀！同誌們！”的嘴炮黨，如果打贏了他就會裝模做樣出來表彰大家，接著摘桃子，但是輸了呢？隻會逃，逃得比誰都快！類似這種的事情都不知道發生了多少次了，而這次為什麽他會有這樣的勇氣呢？那是因為他的背後站著東南與西南最大的兩個軍閥，占據兩廣的陸榮廷還有控製滇黔的唐繼堯。

可這兩人要的不是共和，陸榮廷想借著‘護法’的名義進攻湖南，達到控製東南、乃至華中的野心，而唐繼堯就更明顯了，人家都把西南當成自留地，手腳都伸進四川了，還用說？隻是礙於情麵不敢大肆進攻，有了‘護法’這個名義就不一樣了，立馬大軍進犯，嗬嗬！

中華民國軍政府的成立，標誌著護法運動**的到來，也標誌著南北對峙局麵的形成，段祺瑞作為北洋領頭人，繼承袁世凱武力統一中國的衣缽，決心以北洋武力鎮壓西南護法，這樣子就不打算善了，人家都欺負到頭上了，是我，我都忍不了，於是十月，雙方開戰，護法戰爭爆發。

而此時的馮庸在幹嘛呢？他難道不想接著這個機會擴大地盤嗎？畢竟是打算用自己的力量帶動中華崛起的人，這個機會不抓住豈不是浪費了，可是福建軍隊咱是還沒訓練好，他不是不想，而是無能為力呀！所以隻能埋頭看著別人吃肉，這種滋味難以述說，其實他也是想快速完成力量的組織，然後插手其中，這種熱鬧豈能不湊。

於是福建方麵，八月底宣布福建陸軍學院、海軍學院、空軍學院正式成立，至於福建大學早在八月半就開學了，畢竟不同於軍事院校，有那麽多均是設施需要完善。還有那個神秘的特殊作戰學院隻會在福建軍隊裏招收學員，並不對外開放，畢竟這種險要的底蘊不適合太早暴露出來。

這三所軍官學院的部分教官是德國柏林軍事指揮學院請來的，其中大部還是各個武備學堂、陸軍中學以及挖保定陸軍學校的牆腳還有本來福州船政學堂的，北京南苑航空學校的人都差點跑空了，與此同時，還組織了部分人下部隊創辦隨軍學堂，戰爭時期，不能讓所有軍官回爐重造，馮庸還盼著他們早日訓練好新軍，出去搶地盤呢！這三所設施還是比較常規的，所以消費不大。