正在嶽飛等人慶賀勝利，準備收複汴梁的時候，朝廷卻下令退兵，好不容易建立起來的大好形勢毀於一旦。這一切，都是奸臣秦檜幹的壞事。
秦檜本來是狀元出身，當初金人入侵的時候，他還是主戰派，堅決不肯和金人妥協。汴京失守後，秦檜被派到金營談判，被金人扣留了下來。秦檜後來帶領全家老小從金朝逃回南宋。秦檜自稱是殺死了監視自己的金人才逃回來的，但很多大臣對此表示懷疑。首先，和秦檜一起被扣留的人一個都沒有回來，為什麽他就能逃走？另外從金人的地盤到楚地有幾千裏之遠，沿途就沒有盤查的？再說他怎麽可能帶著全家老小一起逃回來？很多人懷疑他是金人派來的奸細，但秦檜的朋友卻向高宗極力推薦他，說他又忠心又能幹。秦檜和高宗見麵的時候，第一句話就是：“如果要天下無事，那就南方是南方，北方是北方。”意思就是和金人保持現狀，不要再收複失地了。高宗生怕收複失地後，宋徽宗和宋欽宗被放回來，那他的皇位就不保了。秦檜的話算是說在他心坎上了，所以他高興地說：“秦檜質樸忠誠，不是一般人能夠比得上的。我得到他以後高興得都睡不著覺了！”從此對秦檜另眼相看。秦檜得到高宗信任後，專門從事議和一事，以前議和歸議和，打仗歸打仗，秦檜上台後卻是一心議和，連仗都不想打了。
秦檜聽說嶽飛節節勝利，很快就要收複汴梁了，連忙催促高宗讓嶽飛收兵，還讓其他將領也撤回來，然後以嶽飛孤軍深入為由，連發12道金牌逼其撤退。嶽飛隻好撤兵，收複的失地又全部被金人占據了。
秦檜擔心嶽飛會反對自己議和，於是請求高宗將韓世忠、張俊和嶽飛這幾名功勞最大的將領升官，實際上是剝奪了他們的兵權。嶽飛是當時各位大將中最年輕的一個，韓世忠和張俊都對他不服。韓世忠為人正直，秦檜知道不能在他身上打主意，於是想辦法收買張俊，讓他乘機誣告嶽飛。
嶽王廟內秦檜夫婦鐵鑄跪像
秦檜認為嶽飛是他議和的最大障礙，所以極力謀劃殺死嶽飛。當時的諫議大夫萬俟禼和嶽飛有私仇，秦檜就指使他彈劾嶽飛，還指使了一堆人誣告嶽飛和金人有勾結。嶽飛氣不過，幾次上奏章請求罷免自己的職務。秦檜覺得這樣還不夠，又讓張俊威逼利誘嶽飛的兩個部將王貴和王俊誣告嶽飛的愛將張憲企圖將兵權還給嶽飛，圖謀造反。
秦檜派人將嶽飛逮捕，嶽飛對逮捕他的人說：“皇天在上，可以證明我的心！”秦檜一開始讓禦史中丞何鑄負責審問，嶽飛撕開衣裳把後背露給他看，上麵刺了4個大字“盡忠報國”，何鑄被嶽飛的氣勢嚇住了，又確實沒有證據，隻好判嶽飛無罪。秦檜很生氣，改讓萬俟禼審問。萬俟禼一口咬定嶽飛寫信給張憲，讓他謊報軍情以震動朝廷，乘機收回兵權。還誣陷嶽雲也寫信給張憲，要他采取措施讓嶽飛回到軍中。萬俟禼也知道沒有這些信，幹脆說這些信都被嶽飛焚毀了。
當時一些正直的大臣都幫嶽飛說話，結果都遭到了秦檜的陷害。宗正卿趙士用全家100口人的性命擔保嶽飛無罪。結果被放逐到建州。平民劉允升也替嶽飛申冤，也被關到大理寺害死。
韓世忠對嶽飛一案憤憤不平，跑去質問秦檜到底有沒有真憑實據。秦檜說：“嶽雲寫信給張憲這事雖然還不太敢確定，但‘莫須有’。”韓世忠大怒：“‘莫須有’3個字怎能讓天下人信服！”
嶽飛被關了兩個月，但還是沒有能找到證明他有罪的證據，秦檜幹脆一不做二不休，寫了張小紙條給獄卒，在一天晚上將嶽飛害死了，嶽雲和張憲也被斬首示眾。嶽飛的死讓金人放下了心，欣然和秦檜簽下了和約，秦檜從此成為後世百姓唾罵的對象。
秦檜在朝期間嫉賢妒能，排擠忠良，一心隻想保住官位，他死後高宗居然還很悲痛，追贈他為申王，諡號忠獻。宋孝宗即位後，替嶽飛平了反，寧宗時期，奪取了秦檜王爵，並把諡號改成謬醜。杭州西湖嶽王廟嶽飛的塑像前，澆鑄了秦檜、秦檜老婆王氏、萬俟禼和張俊4個陷害嶽飛的壞蛋跪在地上的鐵像，受到千萬人的唾罵。