一、普遍聯係的統一整體觀念
1．治未病(既病防傳)
《髒腑經絡先後病脈證》篇第1條強調了肝實之病多傳變至不旺之脾，此時“當先實脾”。根據五行生克製化的理論，髒腑疾病有先後傳的規律，故仲景對於邪氣實的髒(腑)病，預測到必傳其所克、所製約的髒(腑)，從而提出了治本髒同時兼實他髒，以防傳變的整體治療法則，具有重要的臨床指導意義。
仲景還將這種“既病防傳”的治療思想靈活地運用於對具體病證的治療。如《痙濕暍病脈證治》篇見“太陽病，無汗而小便反少，氣上衝胸，口噤不得語，欲作剛痙，葛根湯主之”，說明病邪尚在太陽之表，但已開始內傳陽明，“口噤不得語”可征，乃為剛痙欲作之初，而非已作之後。張仲景為了杜絕病邪由太陽之表完全傳人陽明之裏，發展為“臥不著席，腳攣急、必齡齒……”等陽明裏熱之痙病(可與大承氣湯，見該篇第13條)，故特製葛根湯發汗解表、升發津液，“乘其未盛而奪之”，為既病防傳之實例。
2．根據五行生克製化理論，防止矛盾轉化的治法
首篇“十七句”是在闡明當肝虛脾不旺時，為何要用補脾的藥物進行治療。因為要解決肝虛這一主要矛盾，除了要用酸味直補本宮而外，為了防止主要矛盾逐漸轉化，導致心脾兩虛，肺金乘木，便采取了防微杜漸的治法，兼扶心脾，補土製腎，水火相濟，使火能製金，金不乘木，“則肝自愈”，這種防止矛盾轉化的治法對臨床實踐具有重大的指導意義。
3．上病下取
病證雖表現在上焦，但其病本在下焦或中焦，可用本法治之。如《痰飲咳嗽病脈證並治》篇第26條：“支飲胸滿者，厚樸大黃湯主之”，此為飲熱互結胸胃，可用逐飲**熱，行氣開鬱，上病下取。
4．下病上取
若病證雖表現在下焦，但其病本在上焦或中焦者，可用本法治之。如虛寒肺痿症見“必遺尿，小便數，所以然者，以上虛不能製下故也”，則可用溫肺複氣、暖上製下的甘草幹薑湯治療。
5．內病外治
“百合病一月不解，變成渴者，百合洗方主之。”百合病本心肺陰虛內熱，由於“肺合皮毛，其氣相通”，用藥汁洗其外，亦可通其內，以達到清熱養陰，潤燥止渴效果。
6．外病內治
《瘡癰腸癰浸**病脈證並治》篇第6條雲：“病金瘡，王不留行散主之。”凡刀斧等金屬器械所傷，必然會導致營衛氣血失運，故用行氣血、和陰陽法以治之。方後雲：“小瘡即粉之，大瘡但服之，產後亦可服。”說明內服外用均可，但主要在內治。
二、靈活運用對立統一觀點
1．扶正與祛邪兼顧
(1)扶正為主，佐以祛邪 這種治則一般用於以正虛為矛盾主要方麵的髒腑病證或經絡病證，當然也照顧到祛邪的一麵。如《血痹虛勞病脈證並治》篇第6條雲：“虛勞諸不足，風氣百疾，薯蕷丸主之。”因人體陰陽氣血諸不足，易受外邪侵襲，治療時應著重扶正調補，不能一味祛風以重傷正氣，反使風邪不得外解，故仲景在調理、健運脾胃和養血滋陰藥中，佐以祛風散邪藥，此扶正即所以祛邪之意。原書扶正以祛邪的方劑雖為數不多，但這些方劑都有補益或調理脾腎的作用。因為內傷雜病至後期，多出現脾腎虛衰證候，並由此而影響其他髒腑的功能，促使病情惡化，因此調理脾腎是治療內傷雜病治本的原則。
(2)祛邪為主，佐以扶正 此種治則一般用於以邪實為矛盾主要方麵的髒腑經絡病證。內傷失治防外感，虛勞失治防變實，原書中的多數方劑即以祛邪為主，當然與此同時，也注意扶正的一麵。如治瘧母的鱉甲煎丸，其祛邪為主的藥物雖然較多，但又佐以人參、阿膠、桂枝、芍藥等補益氣血、調和營衛之品；大黃廑蟲丸是治幹血勞的名方，若單治虛勞，補正必礙邪，單化“幹血”，攻邪必傷正，故仲景在一派活血逐瘀藥中用了大劑量扶正的地黃、芍藥、蜂蜜、甘草，寓有祛邪即所以安正之意。
仲景在首篇中還提出了攻邪“當隨其所得”的原則：“夫諸病在髒，欲攻之，當隨其所得而攻之，如渴者，與豬苓湯。餘皆仿此。”因病邪在裏錮結不解，往往與體內有害物質如痰、水、瘀血、宿食等相結合，故醫者當隨其所得之病因施以恰當治法。“病痰飲者，當以溫藥和之”，以及對水氣病、宿食病、瘀血疾患的治療，都體現了這一原則。
2．順應病機，因勢利導
仲景根據《素問·陰陽應象大論》“謹守病機，各司其屬”的理論，對於邪實之證的治療，還隨病邪所在部位的不同，順應病機，因其勢而就近引導，使之排出體外，以達到使正氣免受損傷或少受損傷的目的。如瓜蔞桂枝湯、葛根湯和大承氣湯，三方均治痙病，對病邪在表者，用瓜蔞桂枝湯、葛根湯發汗達表，使病從外而解；對於病邪在裏者，用大承氣湯攻下通腑，使病從裏而除。
3．平調陰陽
由於疾病的發生是陰陽失去相對平衡的結果，故原書所采用的一切治療手段都是為了達到平調陰陽之目的。如《水氣病脈證並治》篇對水氣病屬“氣分”的治療原則，明確指出“陰陽相得，其氣乃行，大氣一轉，其氣乃散”。因為陰陽為營衛氣血之總司，陰陽相得，則氣血充沛，營衛和諧，精神乃治；若陰陽相失，則氣血乖戾，營衛不和，疾病叢生。水氣病如此，百病皆然。
對於陰陽兩虛出現偏寒偏熱的虛勞病證，仲景並不是簡單地以熱治寒、以寒治熱，而是采取建立中氣、調和陰陽的方法，小建中湯為其代表方，使中氣得以運化，從陽引陰，從陰引陽，俾陰陽得以協調，則“虛勞裏急，悸，衄，腹中痛，夢失精，四肢酸疼，手足煩熱，咽幹口燥”之證也隨之消失。
三、抓住主要矛盾
1．急則治其標，緩則治其本
仲景重視“扶正(本)與祛邪(標)兼顧”的治療原則，已如前述。但是，標本關係在一定條件下是可以互相轉化的，當“標”處於主要矛盾的時候，則又應“急則治其標”了。如以妊娠期疾病而言，當疾病屬主要矛盾時，應先抓住主要矛盾，祛病即能安胎，故仲景對妊娠宿有癥病者，用桂枝茯苓丸祛瘕以安胎；胃虛寒飲之惡阻，用幹薑人參半夏丸益氣蠲(juān)飲，溫中降逆；陽虛宮冷陰寒腹痛者，用附子湯溫散陰寒，暖宮安胎；妊娠有水氣者，用葵子茯苓散通竅利水。上述四方中所用牡丹皮、桃仁、附子、半夏、冬葵子等，應為妊娠禁忌或慎用藥，但仲景根據《素問·六正正紀大論》“有故無殞，亦無殞也”的精神加以具體運用，且開禁藥之不禁之先河，亦為善辨標本，抓主要矛盾的範例。
2．新舊同病，先治新病，後治舊病
《髒腑經絡先後病脈證》篇第15條雲：“夫病痼疾，加以卒病，當先治其卒病，後乃治其痼疾也。”當“卒病”處於主要矛盾時，則先治新病，後治舊病，為新舊同病時的一般治則。
3．表裏同病，急者先治，緩者後治
《髒腑經絡先後病脈證》篇第14條雲：“問曰：病有急當救裏救表者，何謂也?師曰：病，醫下之，續得下利清穀不止，身體疼痛者，急當救裏；後身體疼痛，清便自調者，急當救表也。”本條論述表裏同病時的先後緩急治則，當裏證為急屬主要矛盾時先治，表證為緩應後治。反之，表急先治，裏緩後治。
4．表裏同病，表裏兩解
《腹滿寒疝宿食病脈證治》篇第9條雲：“病腹滿發熱十日，脈浮而數，飲食如故，厚樸七物湯主之。”本條因腹滿等裏證重於脈浮而數、發熱等表證，雖用表裏兩解法治之，但以解決主要矛盾的厚樸三物湯治裏實為主，而以桂枝湯去芍藥解表，兼顧了次要矛盾。
四、透過現象看本質
1．“同病異治”與“異病同治”
由於基本病機雖同，但具體“病機”不同，疾病的“本質”不同，那麽，根據矛盾特殊性製定的治療原則或方法就有差異。所以，一病可以多方(多法)治療，此為“同病異治”法的辯證法依據。反之，多種不同疾病，盡管其症狀表現或具體病機不同，但若出現有共同的證候，反映了共同的髒腑經絡病理變化時，由於基本病機相同，諸疾病的“本質”相同，那麽，根據矛盾普遍性製定的治療原則或方法就相同，因而異病可用一方(一法)治療，此即為“異病同治”法的辯證法依據。現擇要舉例如下。
(1)同病異治 如同病嘔吐，屬氣虛津傷的胃反證者，用大半夏湯；胃氣虛寒，肝氣犯胃者，用吳茱萸湯；脾腎陽虛，陰盛格陽者，用四逆湯；胃中積熱上衝者，用大黃甘草湯；膽胃鬱熱氣逆者，用小柴胡湯；熱迫腸胃幹嘔而利者，用黃芩加半夏生薑湯；中氣虛滯、胃熱腸寒而心下痞者，用半夏瀉心湯；寒飲搏結胸中，上中二焦氣機交阻者，用生薑半夏湯；寒飲氣逆之實證者，用小半夏湯；中陽不足而寒飲犯胃者，用半夏幹薑散；脾虛而新飲停留者，用豬苓散；中陽不運，停飲胃反，用茯苓澤瀉湯；若係妊娠嘔吐，屬脾胃虛寒者，用桂枝湯；胃虛寒飲，用幹薑人參半夏丸；產後虛熱煩嘔者，用竹皮大丸。此一病竟可用十五方治療，可見同病異治運用之廣。
(2)異病同治 如治療“虛勞腰痛，少腹拘急，小便不利”、“短氣有微飲”、“男子消渴，小便反多，以飲一鬥，小便一鬥”、“婦人病飲食如故，煩熱不得臥，而反倚息者……此名轉胞，不得溺也”、“腳氣上人，少腹不仁”等五種不同病證，因均與腎氣不足有關，故都用腎氣丸一方治療。
2．“正治”與“反治”
所謂“正治”是逆其病性的寒熱虛實而製方用藥，因為此時疾病的“本質”基本上沒有表現出“假象”，故直接用寒者熱之、熱者寒之、虛則補之、實則瀉之的方法。原書也大多采用這種“正治法”，因較易掌握，不再贅述。
當某些嚴重疾病的臨床症狀出現“假象”，或者大寒證、大熱證對“正治”法產生格拒時，所施治法與疾病的“假象”相順從，則稱為“反治法”或“從治法”，即“從者反治”之意。諸如《素問·至真要大論》所謂“寒因寒用”、“熱因熱用”、“通因通用”、“塞因塞用”之類，從整體用藥精神而言，仍然抓住了疾病的本質，實際上與“正治法”不相矛盾。
所謂“寒因寒用”，是指治療真熱假寒證不用溫藥而用寒涼藥。如《痙濕暍病脈證治》篇中的白虎加人參湯治療氣津兩傷的“太陽中熱”，既有“汗出……身熱而渴”的暑熱證，又出現了“惡寒”的寒象，但仲景仍用清解暑熱、兼益氣陰以治其本，此為“寒因寒用”之例。
所謂“熱因熱用”，是指治療真寒假熱證不用寒涼而用溫熱藥。如《嘔吐噦下利病脈證治》篇第45條雲：“下利清穀，裏寒外熱，汗出而厥者，通脈四逆湯主之”，其中“裏寒”為真寒，乃病之本，“外熱”為假熱，乃陰盛格陽的“假象”，故仍用陽熱藥以治其本，此為“熱因熱用”之例。
所謂“塞因塞用”，是指治療真虛假實(閉塞不通)證，不用通利法而用補塞法。如《胸痹心痛短氣病脈證治》篇第5條雲：“胸痹心中痞，留氣結在胸，胸滿，脅下逆搶心……人參湯亦主之。”此“氣結在胸”證，其病本乃中陽不運，故反用補塞溫中之方，屬“塞因塞用”之例。
所謂“通因通用”，是指其病機有瘀熱實滯痞結不通，其症狀有“通泄”之征，不用固澀法反用通利法治之。如“下利”，因實積中阻，熱結旁流所致者，仲景在《嘔吐噦下利病脈證治》篇中反用大承氣湯、小承氣湯通泄熱結，此為“通因通用”之例。
3．觀察、試探法
“膈間支飲”而“醫吐下之不愈”，屬誤治“觀察”，若“試”投木防己湯“心下痞堅”變虛軟，說明有效；“心下痞堅”結實，“三日複發”，“複與”木防己湯“試治”而不愈者，說明木防己湯證轉變成飲熱交結的實證，而兼氣虛，病情真相顯露，則改用木防己去石膏加茯苓芒硝湯；產後腹痛似屬氣血鬱滯腹痛，投以枳實芍藥散，“假令不愈者”，再仔細審察，才明確“此為腹中有幹血著臍下”，故改用下瘀血湯治療。以上均為巧用觀察、試探法之範例。
五、具體問題具體分析
如仲景對百合病的治療，提出了應根據具體情況，“各隨證治之”的原則，這同樣適用於對其他雜病的治療，它充分體現了在分析事物的矛盾時，要掌握“具體事物具體分析”這一觀點。
1．辨證求本，隨證用藥
仲景在分析具體病證、遣方用藥時，總不離乎疾病的本質。如《痰飲咳嗽病脈證並治》篇運用小青龍湯治支飲咳喘，則針對陽虛寒飲病之“本”，常用幹薑、細辛、五味子；有腎虛而水氣上衝時，則加用桂枝；水飲嘔吐時，又必用半夏；血虛而見形腫，預防麻黃產生副作用時，代以杏仁；胃熱上衝，見“麵熱如醉”者，即加大黃。故唐容川總結“仲景用藥之法，全憑乎證，添一證則添一藥，易一證亦易一藥。”這是在辨證求“本”的前提下，當“標”證發生變化時而隨證用藥的範例。
2．緊摳病機，靈活加減
“隨證治之”的原則，在原書部分方劑的加減法中也有充分體現，如見寒喘者加麻黃；見煩喘者則加柏實；虛氣上逆者即加人參；痛多氣逆而嘔加橘皮、白術；胃中不和或苦痛者，加芍藥；腹滿者則加枳實；下有陳寒者加細辛；陽虛有寒者加附子；血虛寒多者加生薑；實熱或心熱者加大黃；虛熱者加白薇；口渴加瓜蔞根；熱結口渴者加芒硝；風水加白術；心下疼痛者加川芎；大虛者加飴糖；去血過多者加地黃；悸者加牡蠣。上述加減，無不以緊摳病機為原則，同時體現了具體問題具體分析的治療觀點。