一、方劑配伍中的陰陽對立統一觀
1．入陽入陰，升散潛降之藥相伍
如治療“陰陽毒”的升麻鱉甲湯，升麻入陽分解毒散毒，能升能散；鱉甲入陰分滋陰養血，鹹寒潛降，使升而有製，達邪出表，消散疫毒。
2．攻補兼施，寒熱並用之藥相伍
如木防己湯，既用石膏之寒，又取桂枝之溫；既有木防己之利(攻)水飲，又輔人參之補氣虛。它如瓜蔞瞿麥丸、白虎加桂枝湯、甘草瀉心湯、烏梅丸等均含此義。
3．陰藥與陽藥相伍，剛藥與柔藥互濟
如桂枝湯中生薑、桂枝、炙甘草、大棗，辛甘化陽，而芍藥、甘草、大棗，酸甘化陰，共奏滋陰和陽，調和營衛之效。黃土湯中既有附子、白術之剛藥以溫陽，又配地黃、阿膠之柔藥以滋陰。
4．通徹上下、表裏、內外之藥相伍
如治水氣病“氣分”之桂枝去芍藥加麻辛附子湯，以麻黃、桂枝、生薑走表達上，附子、細辛走裏溫下，甘草、大棗補益於中，使上、中、下三焦陽氣運轉，水飲消散。
5．動藥與靜藥配伍，相得益彰
如治妊娠腹痛的當歸芍藥散，用靜藥白芍養血，動藥川芎舒血中之氣，茯苓、澤瀉、白術補脾滲濕。諸藥合用，毫無呆滯之弊。膠艾湯亦動靜相宜，為補血專劑四物湯之祖方。
6．利用藥物的相反相成配伍
如治寒氣厥逆的“赤丸”，用了半夏與烏頭，未見毒性和副作用；治留飲欲去的甘遂半夏湯，用了甘遂與甘草，甘遂用量大於甘草，值得研究。
7．配伍善用“反佐”法
用寒涼藥反佐溫熱藥者，如溫脾攝血的黃土湯等，是在溫熱藥中反佐一味黃芩；用溫熱藥反佐寒涼藥者，如竹皮大丸，是在甘寒的石膏、竹茹、白薇中，反佐辛溫的桂枝；用補益藥反佐瀉邪藥者，如十棗湯、葶藶大棗瀉肺湯、皂莢丸等，均是在一派峻猛攻瀉藥中，反佐安中護正的大棗或棗膏；用瀉邪藥反佐補益藥者，如腎氣丸中幹地黃補腎水，而澤瀉泄腎濁；山茱萸溫澀肝經，又佐以牡丹皮清瀉肝火；山藥收攝脾精，又用茯苓淡滲脾濕。乃是在“三補”中佐以“三瀉”。甘草粉蜜湯用大量甘草、白蜜補益胃氣，再伍以少許鉛粉殺蛔，此“反佐以取之也”(《金匱玉函經二注》)；用收斂藥反佐宣散藥者，如小青龍湯，在麻黃、桂枝、細辛等宣散藥中反佐收斂的五味子；用燥濕化痰藥反佐養陰潤燥藥者，如麥門冬湯，重用清養肺胃的麥冬，而以少量化痰下氣的半夏，防麥冬之滋膩。
二、方藥配伍中的質量轉化觀
1．重視單味藥的量變所產生的質變
藥物的用量變化到一定程度，會引起藥物功效的變化。以黃連為例，甘草瀉心湯、半夏瀉心湯中用一兩，功在健胃為主，清熱次之；而在白頭翁湯中則用三兩，功在清熱燥濕止痢，健胃次之。
2．複方中單味藥物的變化引起全方質的變化
如苓桂甘棗湯、苓桂術甘湯、桂苓五味甘草湯三方，都用了茯苓、桂枝、炙甘草通陽化飲，健脾利水。若配大棗15枚補土製水，則為治療發汗傷陽，腎中水邪上逆，欲作奔豚的苓桂甘棗湯，因而具有通陽降逆，補土製水的作用；若配白術三兩健脾燥濕，則為治療脾胃陽虛，飲停心下的苓桂術甘湯，具有健脾燥濕、溫中降逆、行水化飲的作用；若配五味子斂氣歸元，養腎補心，則為治療下焦陽虛，支飲隨衝氣上下妄動的桂苓五味甘草湯，具有斂氣平衝、通陽化飲、降逆緩急之效。以上三方，因其配伍大棗、白術、五味子三種不同藥物，引起了全方作用(質)的變化。
3．複方中某一味藥物重量的變化決定該方質的變化
如桂枝加桂湯，桂枝由三兩加至五兩，此因增加二兩桂枝，主治就不是太陽中風表虛證，而為外寒內人，誤汗傷及心陽，水寒凝心的奔豚氣病；將桂枝湯解肌和營衛變為溫通心陽、平衝降逆之效。
上述規律昭示我們“四兩”確有“撥千斤”之效。
4．嚴格掌握複方的劑量及其藥物之間的適當比例
仲景認為服桂枝湯“不必盡劑”，“若不汗出，乃服至二三劑”，即根據病情轉歸嚴格掌握服藥劑量，以期“中病即止”。
小承氣湯、厚樸三物湯、厚樸大黃湯三方，組成相同，隻因重量及比例不同，治療不同病證：小承氣湯君以大黃(四兩)治熱結旁流證；厚樸三物湯君以厚樸(八兩)治氣滯熱結證；厚樸大黃湯則厚樸(一尺)、大黃(六兩)俱重，治飲熱互結胸腹的支飲證。三方服藥量以厚樸三物湯最重(二升)，小承氣湯最輕(六合)。
上述說明，仲景立方命名，體現辨證。
5．通過配伍發揮藥物之間協同作用，使全方產生質的變化
在組方用藥時，原書既重視發揮單味藥的功能，更注意藥物經過配伍後的協同作用。例如桂枝，配伍應用於不同方劑中，可以從多方麵發揮其效能。如桂枝湯、黃芪桂枝五物湯，用以調和營衛；枳實薤白桂枝湯、炙甘草湯，用以宣通陽氣；五苓散、苓桂術甘湯，用以溫化水飲；桂枝加桂湯、桂苓五味甘草湯，用以下氣降逆；小建中湯、黃芪建中湯，用以健運中氣；烏頭桂枝湯，用以散寒止痛；桂枝茯苓丸、溫經湯，用以散結行瘀。
又如附子的配伍作用，配合幹薑，可以增強回陽救逆之力；配合白術，可以收到溫散寒濕之效；配合薏苡仁，可以緩急止痛；配合烏頭，可以峻逐陰邪；配合粳米，可以溫中除濕，降逆止痛；配合大黃，可以溫陽通便，攻下寒積；配合黃土、白術等，可以溫脾攝血，用治下血。
白虎湯之用生石膏與知母，實乃“相須”為用。單用生石膏退熱作用雖快，但較弱而短暫，知母退熱雖緩，但作用強而持久，兩藥相伍，全方退熱作用顯著提高。
上述仲景方藥配伍規律，說明了量變和質變的辯證關係，綜合用藥形成了新的力量，產生質的飛躍，顯示增效反應。具有客觀性、普遍性和科學性，值得臨床學家認真研討並加以具體應用。
三、重視藥物專用與藥物炮製、煎煮服藥方法
原書重視單味藥獨特的作用。例如，用苦參之殺蟲除濕熱以治狐惑病**蝕爛，用蜀漆以療瘧病，用百合以治百合病，用黃連瀉火解毒以療浸**瘡，用雞矢白以治轉筋入腹等，均寓有專病當用專藥的意義。
原書還非常注重藥物的炮製，常在方後注明所用藥需中 (fǔ)咀，或去心、去皮、去毛、切、擘、破、碎、研、洗、泡、漬、曬、陰幹、炙、烘、煨、燒、炮、熬、蒸、煮等。例如，附子用以回陽救逆者則生用，且需配以幹薑；用以止痛者多炮用，不需伍幹薑。至於煎煮方法，有煎煮用水之不同，如泉水、井花水、甘瀾水、東流水；有煎煮順序之先後，如麻黃、葦莖、厚樸、枳實應先煮，飴糖、蜂蜜應後煎。再如茵陳蒿湯的煎藥法，先煮茵陳，後人大黃、梔子，可以峻攻其熱，久煮茵陳，則可緩出其熱中之濕。
服藥方法有時間之異，如選擇平旦、空心、空腹、末發(病)前、臨發時以及一晝夜中的不同時間；有溫度之別，如服用生薑半夏湯“小冷”服；服用次數靈活，有頓服者，有少少咽之者，或日一、日二、日三或日三夜一、日三夜二者。
上述方法，均有助於提高療效。
此外，仲景還重視觀察藥後反應，如服用白術附子湯後，“其人如冒狀，勿怪，即是術、附並走皮中，逐水氣，未得除故耳”。服用烏頭桂枝湯後，“其知者，如醉狀，得吐者，為中病”；服用芪芍桂酒湯後，“若心煩不上者，以苦酒阻故也”，實為臨床經驗的積累，亦有研究價值。