宗三秀才是一種亦妖亦神的精怪，關於它的故事，要從六百年前的天下爭霸說起。
元朝至正二十三年，公元1363年，戰雲密布鄱陽湖，中世紀世界上規模最大的水戰一觸即發。朱元璋和他的對手陳友諒都清楚，這場戰役，將關乎萬裏江山的最終歸屬。
這年二月，紅巾軍領袖“小明王”韓林兒所在的安豐遭到張士誠強攻，韓林兒支持不住，向名義上的“下屬”朱元璋求援。
朱元璋接信後，召開內部高級會議，謀士劉基表明了他的立場，堅決反對朱元璋帶兵赴援，他最大的擔憂，是虎視眈眈的強鄰陳友諒會趁虛來攻。
固執的朱元璋沒有采納劉基的建議，三月，朱元璋離開大本營應天（南京），馳援安豐。四月，陳友諒果然盡起舉國六十萬大軍而來，但誌在摧毀對手的陳友諒卻犯了一個巨大的戰術錯誤，他沒有把主攻目標設定為朱元璋的根基應天府，而是把大部分兵力投向了西南方向的南昌。
多年後，朱元璋回想此事，還是心有餘悸，假如當時陳友諒直取應天，大明霸業必殤。
陳友諒圍攻南昌近三個月而不克，七月，朱元璋引軍二十萬回援，七月十六，進抵江西湖口。接下來，朱元璋分別於涇江口、南湖嘴、武陽渡三處置重兵扼守，封死陳友諒所有可能的出路，逼他決戰鄱陽湖。
陳友諒全軍盡出，遠征在外，而且久攻南昌不下，部隊已經耗盡了銳氣。對於朱元璋，這是一舉擊碎陳友諒雄霸長江水師的極佳機會——趁陳友諒傾巢而出，銳氣消磨，正好一網打盡，如果錯過了這次機會，那麽未來要想消滅陳友諒，必須攻進他的地盤，不僅主客形勢易手，而且戰爭將會變成一城一地反複攻守的天長日久的消耗戰，在群雄逐鹿的亂世，變數實在太多。所以朱元璋下定決心，要趁此良機，在鄱陽湖上幹掉陳友諒，決不能縱虎歸山。
七月二十一，鄱陽湖之戰正式打響。陳友諒的“漢軍”水師連巨舟為陣，艨艟巨艦高達十餘丈，綿亙數十裏，旌旗戈盾，望之如山。相形之下，朱元璋的戰船微若草芥，仰攻不利，麵對怪獸般的巨型敵船，部卒士氣沮喪。悶局之中，大將徐達當先發起突擊，以小船之靈活，貼近敵艦，攀援而上，奪占巨舶，斬敵一千五百人。而陳友諒陣營亦不乏推鋒突刺的猛將，狂戰士張定邊遙見朱元璋帥旗招展，自領一彪衝鋒快艇，手持長槍大刀，劈風斬浪，直取朱元璋帥船。
朱元璋大驚，左右扈從支援不及，欲待轉舵躲避時，座船竟然在這個緊要關頭突然擱淺，走不動了。
眼見張定邊連斬吳軍數員大將，氣勢如虹，鮮血染得湖水盡赤，寒凜的刀風似乎已經砍到朱元璋的脖頸，突然一支勁箭，帶著嗚咽鳴響，劃過殺聲震天的戰場，準確命中張定邊，狂戰士猝然蹶倒，卓立於另一條船頭的常遇春從容地收起了弓箭。
這天黃昏，湖麵上東北風大起，已經爭取到地利、人和最大優勢的朱元璋，終於盼來了“天時”之助。他重賞募集起一支敢死隊，駕七艘小船，滿載火藥、蘆葦，乘風飛駛，冒著漢軍射手瘋狂的攢射阻擊，破入敵軍艦陣。於是，一千年前火燒赤壁的一幕重演了，鄱陽湖上風烈火熾，煙焰漲天，陳友諒的無敵水師，在熊熊烈火中化為灰燼。朱元璋揮軍掩殺，連殺數日，陳友諒大勢盡去，降兵如決堤之水，不斷投向朱元璋陣營。
陳友諒退兵固守，一個月相持下來，糧草告竭，勢窮力蹙，不得不冒死突圍。然而三條歸路早已被朱元璋掐斷，陳友諒東逃西竄，朱元璋親自領兵追擊，在開船的時候，他的座船卻再一次擱淺了。
鄱陽湖之戰可能是整個中世紀全世界規模最大的水戰。朱元璋憑借此戰，徹底擊潰了他在中國南方的最強對手，為一統天下，建立王朝創造了極為有利的條件。
由於鄱陽湖之戰巨大的影響力及其劃時代的意義，民間演生出許多關於這次戰爭的傳說。譬如朱元璋座船兩次擱淺事故：第一次，朱元璋座船觸沙擱淺，險些被張定邊突襲斬殺，是明確見載於正史的；第二次追擊窮寇之際的擱淺，則為一些明人筆記所記錄，除了《一統肇基錄》外，像明憲宗朝廣東香山人黃瑜的《雙槐歲鈔》、明世宗朝江蘇人陸粲的《庚巳錄》等皆有類似記載。
但是好景不長，到明代中葉，宗三突然墮入魔道，從水路行人的守護神變成了專溺舟楫的惡靈邪魔：
這樣的情形一直持續到清代：
黑色的巨纜怒龍般撲舟而來，打碎、拖沉船隻，過往行旅，聞之色變。宗三的信徒們更難以接受，從小崇拜信奉的偉大神祇竟會變成吞噬親朋的凶手，他們傷心、絕望，他們的信念被摧毀了，那個祖輩講述的，關於宗三襄助太祖定鼎天下的傳說，也漸漸動搖起來。魔化的宗三終於被世人唾棄、痛恨，沒有人肯相信，如今這個興風作浪的妖怪，會是昔日匡扶太祖皇帝的英雄。
明朝嘉靖年間，蘇州人陸粲赴任江西吉安永昌知縣，在這裏，他聽到的宗三秀才起源傳說，已經麵目全非了：
自從宗三神墮落後，這種說法就得到了廣泛的認可，宗三的妖怪形象越來越深入人心。盡管各地宗三廟的供奉香火仍然不斷，但祝禱目的已然由從前的祈福感激，演變成了契約式的條件交換——我供奉血食，你不再作亂，保我平安。
到了清康熙朝，有位姓徐的客商南下嶺南，行經鄱陽湖，見船家祭祀甚勤，便問他所祀何神？那船家連連搖手，指指嘴巴，意思是讓他不要多嘴亂問。客商好生奇怪，何方神聖這般忌諱，連名字都問不得？等下了船跟人談起，人家才告訴他，那必是宗三秀才。
客商在嶺南逗留數月，沿舊途返程時，恰好又坐了來時那位船家的船，這次卻不見船家祭祀邪神了。
“為何不祭宗三秀才了？”客商問。
船家聽他語出“忌諱”，並不生氣，反而笑道：“老天爺開眼，往後都不用祭這妖怪了！”
原來當年鄱陽湖遭遇百年罕見的特大旱情，湖水水位大降，那纜繩妖怪誤入淺汊，被困在其中。起初猶自遊動，後來這一灣淺水也被曬幹，纜怪陷入淤泥，給烈日烤得幾乎冒煙。
湖畔的居民聽說“宗三秀才”現身被困，競相圍觀，隻見這傳說中的水妖荇藻滿身，有若鱗鬣，首尾微微顫動，十分怪異。百姓不敢擅自處置，報往官府，縣令大老爺親自帶人來到現場。他自知這是斬妖除魔、樹立政績的大好時機，當即號召圍觀的群眾，大家一齊舉火，燒死這怪物，永絕後患。
此言一出，當然一呼百應，興奮的人群紛紛向三條纜繩拋擲火把、柴草，天幹物燥，燃燒極烈。纜繩被烈火包圍，湧出滾滾黑血，據說那正是當年鄱陽湖之戰死難將士及馬匹流入湖水的血液，曆數百年之久，早已變質，腥臭彌漫數裏。
從此，宗三秀才不再為祟，不過各地的宗三廟一直保留了下來，在許多地區仍可見宗三故祠遺跡。